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https://github.com/HDFGroup/hdf5.git
synced 2025-04-24 17:51:25 +08:00
[svn-r3562] Add to tutorial
Purpose: [is this a bug fix? feature? ...] Description: [describe the bug, or describe the new feature, etc] Solution: [details about the changes, algorithm, etc...] [Please as detail as you can since your own explanation is better than others guessing it from the code.] Platforms tested: [machines you have tested the changed version. This is absolute important. Test it out on at least two or three different platforms such as Big-endian-32bit (SUN/IRIX), little-endian-32(LINUX) and 64-bit (IRIX64/UNICOS/DEC-ALPHA) would be good.]
This commit is contained in:
parent
70cc09f8b6
commit
d8c843156a
540
doc/html/Tutor/examples/java/Compound.java
Normal file
540
doc/html/Tutor/examples/java/Compound.java
Normal file
@ -0,0 +1,540 @@
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/******************************************************************
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|
* Compound.java (for HDF5 tutorial lesson 11)
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*
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|
* -- Creating a compound data type
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|
* (a java conversion from compound.c)
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|
*
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||||||
|
******************************************************************/
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||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
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||||||
|
public class Compound
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main (String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "SDScompound.h5";
|
||||||
|
final String DATASETNAME = "ArrayOfStructures";
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|
final int LENGTH = 10;
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||||||
|
final int RANK = 1;
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|
||||||
|
/* First structure and dataset */
|
||||||
|
/* an array of LENGTH 'complex' numbers */
|
||||||
|
byte[] data1 = new byte[LENGTH * 16];
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int[] AR = new int[1];
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float[] BR = new float[1];
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||||||
|
double[] CR = new double[1];
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||||||
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||||||
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byte [] ARec = new byte[4];
|
||||||
|
byte [] BRec = new byte[4];
|
||||||
|
byte [] CRec = new byte[8];
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||||||
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||||||
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int s1_tid; /* File datatype identifier */
|
||||||
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||||||
|
/* Second structure (subset of s1_t) and dataset*/
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||||||
|
byte[] data2 = new byte[LENGTH * 12];
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||||||
|
int s2_tid; /* Memory datatype handle */
|
||||||
|
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||||||
|
/* Third "structure" ( will be used to read float field of s1) */
|
||||||
|
int s3_tid; /* Memory datatype handle */
|
||||||
|
float[] s3 = new float[LENGTH];
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||||||
|
|
||||||
|
int i;
|
||||||
|
int file, dataset, space; /* Handles */
|
||||||
|
int status;
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||||||
|
long[] dim = new long[1]; /* Dataspace dimensions */
|
||||||
|
dim[0] = LENGTH;
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||||||
|
|
||||||
|
/*
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||||||
|
* Initialize the data
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||||||
|
*/
|
||||||
|
for (i = 0; i < LENGTH; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
AR[0] = (int) i;
|
||||||
|
BR[0] = (float) i * i;
|
||||||
|
CR[0] = (double) 1. / (i + 1);
|
||||||
|
|
||||||
|
ARec = HDFNativeData.intToByte (0, 1, AR);
|
||||||
|
BRec = HDFNativeData.floatToByte (0, 1, BR);
|
||||||
|
CRec = HDFNativeData.doubleToByte (0, 1, CR);
|
||||||
|
|
||||||
|
System.arraycopy (ARec, 0, data1, (i * 16), 4);
|
||||||
|
System.arraycopy (BRec, 0, data1, (i * 16) + 4, 4);
|
||||||
|
System.arraycopy (CRec, 0, data1, (i * 16) + 8, 8);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create the data space.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
space = H5Screate_simple_wrap (RANK, dim, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create the file.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
file = H5Fcreate_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create the memory data type.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
s1_tid = H5Tcreate_wrap (HDF5Constants.H5T_COMPOUND, 16);
|
||||||
|
H5Tinsert_wrap (s1_tid, "a_name", 0,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT));
|
||||||
|
H5Tinsert_wrap (s1_tid, "b_name", 4,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_FLOAT));
|
||||||
|
H5Tinsert_wrap (s1_tid, "c_name", 8,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_DOUBLE));
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create the dataset.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
dataset = H5Dcreate_wrap (file, DATASETNAME, s1_tid,
|
||||||
|
space, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Wtite data to the dataset;
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
status = H5Dwrite_wrap (dataset, s1_tid,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, data1);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Release resources
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
H5Tclose_wrap (s1_tid);
|
||||||
|
H5Sclose_wrap (space);
|
||||||
|
H5Dclose_wrap (dataset);
|
||||||
|
H5Fclose_wrap (file);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Open the file and the dataset.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
file = H5Fopen_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
dataset = H5Dopen_wrap (file, DATASETNAME);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create a data type for s2
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
s2_tid = H5Tcreate_wrap (HDF5Constants.H5T_COMPOUND, 12);
|
||||||
|
H5Tinsert_wrap (s2_tid, "c_name", 0,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_DOUBLE));
|
||||||
|
H5Tinsert_wrap (s2_tid, "a_name", 8,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT));
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Read two fields c and a from s1 dataset. Fields in the file
|
||||||
|
* are found by their names "c_name" and "a_name".
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
status = H5Dread_wrap (dataset, s2_tid, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, data2);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Display the fields. Convert from bytes into numbers.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
System.out.println ("\nField c : ");
|
||||||
|
for( i = 0; i < LENGTH; i++) {
|
||||||
|
System.arraycopy (data2, (i*12), CRec, 0, 8);
|
||||||
|
CR = HDFNativeData.byteToDouble(0, 1, CRec);
|
||||||
|
System.out.print (CR[0]+" ");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println("\nField a :");
|
||||||
|
for( i = 0; i < LENGTH; i++) {
|
||||||
|
System.arraycopy (data2, (i*12)+8, ARec, 0, 4);
|
||||||
|
AR = HDFNativeData.byteToInt(0, 1, ARec);
|
||||||
|
System.out.print (AR[0]+" ");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create a data type for s3.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
s3_tid = H5Tcreate_wrap (HDF5Constants.H5T_COMPOUND, 4);
|
||||||
|
|
||||||
|
status =
|
||||||
|
H5Tinsert_wrap (s3_tid, "b_name", 0,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_FLOAT));
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Read field b from s1 dataset. Field in the file is found by its name.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
status = H5Dread_wrap (dataset, s3_tid, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, s3);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Display the field. Data is read directly into array of 'float'.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
System.out.println ("Field b :");
|
||||||
|
for( i = 0; i < LENGTH; i++) {
|
||||||
|
System.out.print (s3[i]+" ");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Release resources
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
H5Tclose_wrap (s2_tid);
|
||||||
|
H5Tclose_wrap (s3_tid);
|
||||||
|
H5Dclose_wrap (dataset);
|
||||||
|
H5Fclose_wrap (file);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for adding another member to the compound
|
||||||
|
// datatype datatype_id.
|
||||||
|
public static int H5Tinsert_wrap (int type_id, String name,
|
||||||
|
long offset, int field_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Adding another member to the compound datatype datatype_id.
|
||||||
|
status = H5.H5Tinsert (type_id, name, offset, field_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Tinsert_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Tinsert_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating the memory data type.
|
||||||
|
public static int H5Tcreate_wrap (int dclass, int size)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int datatype_id = -1; // memory data type identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the memory data type.
|
||||||
|
datatype_id = H5.H5Tcreate (dclass, size);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Tcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Tcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return datatype_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing file
|
||||||
|
public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing dataset
|
||||||
|
public static int H5Dopen_wrap (int loc_id, String name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Opening an existing dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dopen (loc_id, name);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new simple dataspace and opening it
|
||||||
|
// for access
|
||||||
|
public static int H5Screate_simple_wrap (int rank, long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Screate_simple (rank, dims, maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Screate_simple_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Screate_simple_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dcreate_wrap (int loc_id, String name, int type_id,
|
||||||
|
int space_id, int create_plist_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dcreate (loc_id, name, type_id, space_id,
|
||||||
|
create_plist_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for writing the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dwrite_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object buf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Write the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dwrite (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dwrite_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dwrite_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for reading the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dread_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object obj)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Read the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dread (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, obj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dread_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dread_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the data space.
|
||||||
|
public static int H5Sclose_wrap (int dataspace_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5.H5Sclose (dataspace_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Sclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Sclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for releasing a datatype.
|
||||||
|
public static int H5Tclose_wrap (int type_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Releasing a datatype.
|
||||||
|
status = H5.H5Tclose (type_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Tclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Tclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for ending access to the dataset and releasing
|
||||||
|
// resources used by it.
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Compound.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
541
doc/html/Tutor/examples/java/Copy.java
Normal file
541
doc/html/Tutor/examples/java/Copy.java
Normal file
@ -0,0 +1,541 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* Copy.java (for HDF5 tutorial lesson 13)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Showing how to use the H5SCOPY function.
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_copy.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Copy
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main (String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE1 = "copy1.h5";
|
||||||
|
final String FILE2 = "copy2.h5";
|
||||||
|
|
||||||
|
final int RANK = 2;
|
||||||
|
final int DIM1 = 3;
|
||||||
|
final int DIM2 = 4;
|
||||||
|
final int NUMP = 2;
|
||||||
|
|
||||||
|
int file1, file2, dataset1, dataset2;
|
||||||
|
int mid1, mid2, fid1, fid2;
|
||||||
|
long[] fdim = new long[2];
|
||||||
|
fdim[0] = DIM1;
|
||||||
|
fdim[1] = DIM2;
|
||||||
|
long[] mdim = new long[2];
|
||||||
|
fdim[0] = DIM1;
|
||||||
|
fdim[1] = DIM2;
|
||||||
|
|
||||||
|
long[] start = new long[2];
|
||||||
|
long[] stride = new long[2];
|
||||||
|
long[] count = new long[2];
|
||||||
|
long[] block = new long[2];
|
||||||
|
|
||||||
|
int[][] buf1 = new int[DIM1][DIM2];
|
||||||
|
int[][] buf2 = new int[DIM1][DIM2];
|
||||||
|
int[][] bufnew = new int[DIM1][DIM2];
|
||||||
|
|
||||||
|
int[] val = new int[2];
|
||||||
|
val[0] = 53;
|
||||||
|
val[1] = 59;
|
||||||
|
|
||||||
|
long[] marray = {2};
|
||||||
|
long[][] coord = new long[NUMP][RANK];
|
||||||
|
int ret;
|
||||||
|
int i, j;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/***********************************************************************/
|
||||||
|
/* */
|
||||||
|
/* Create two files containing identical datasets. Write 0's to one */
|
||||||
|
/* and 1's to the other. */
|
||||||
|
/* */
|
||||||
|
/***********************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
for ( i = 0; i < DIM1; i++ )
|
||||||
|
for ( j = 0; j < DIM2; j++ )
|
||||||
|
buf1[i][j] = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for ( i = 0; i < DIM1; i++ )
|
||||||
|
for ( j = 0; j < DIM2; j++ )
|
||||||
|
buf2[i][j] = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
file1 = H5Fcreate_wrap (FILE1, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
file2 = H5Fcreate_wrap (FILE2, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
fid1 = H5Screate_simple_wrap (RANK, fdim, null);
|
||||||
|
fid2 = H5Screate_simple_wrap (RANK, fdim, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
dataset1 = H5Dcreate_wrap
|
||||||
|
(file1, "Copy1", H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT), fid1,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
dataset2 = H5Dcreate_wrap
|
||||||
|
(file2, "Copy2", H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT), fid2,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dwrite_wrap (dataset1, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, buf1);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dwrite_wrap (dataset2, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, buf2);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dclose_wrap (dataset1);
|
||||||
|
ret = H5Dclose_wrap (dataset2);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Sclose_wrap (fid1);
|
||||||
|
ret = H5Sclose_wrap (fid2);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Fclose_wrap (file1);
|
||||||
|
ret = H5Fclose_wrap (file2);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/***********************************************************************/
|
||||||
|
/* */
|
||||||
|
/* Open the two files. Select two points in one file, write values to */
|
||||||
|
/* those point locations, then do H5Scopy and write the values to the */
|
||||||
|
/* other file. Close files. */
|
||||||
|
/* */
|
||||||
|
/***********************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
file1 = H5Fopen_wrap (FILE1, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
file2 = H5Fopen_wrap (FILE2, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
dataset1 = H5Dopen_wrap (file1, "Copy1");
|
||||||
|
dataset2 = H5Dopen_wrap (file2, "Copy2");
|
||||||
|
|
||||||
|
fid1 = H5Dget_space_wrap (dataset1);
|
||||||
|
mid1 = H5Screate_simple_wrap (1, marray, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
coord[0][0] = 0; coord[0][1] = 3;
|
||||||
|
coord[1][0] = 0; coord[1][1] = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Sselect_elements_wrap (fid1, HDF5Constants.H5S_SELECT_SET,
|
||||||
|
NUMP, coord);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dwrite_wrap (dataset1, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
mid1, fid1, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, val);
|
||||||
|
|
||||||
|
fid2 = H5Scopy_wrap (fid1);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dwrite_wrap (dataset2, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
mid1, fid2, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, val);
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dclose_wrap (dataset1);
|
||||||
|
ret = H5Dclose_wrap (dataset2);
|
||||||
|
ret = H5Sclose_wrap (fid1);
|
||||||
|
ret = H5Sclose_wrap (fid2);
|
||||||
|
ret = H5Fclose_wrap (file1);
|
||||||
|
ret = H5Fclose_wrap (file2);
|
||||||
|
ret = H5Sclose_wrap (mid1);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/***********************************************************************/
|
||||||
|
/* */
|
||||||
|
/* Open both files and print the contents of the datasets. */
|
||||||
|
/* */
|
||||||
|
/***********************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
file1 = H5Fopen_wrap (FILE1, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
file2 = H5Fopen_wrap (FILE2, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
dataset1 = H5Dopen_wrap (file1, "Copy1");
|
||||||
|
dataset2 = H5Dopen_wrap (file2, "Copy2");
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dread_wrap (dataset1, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, bufnew);
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println ("\nDataset 'Copy1' in file 'copy1.h5' contains: ");
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i = 0;i < DIM1; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (j = 0;j < DIM2; j++)
|
||||||
|
System.out.print (bufnew[i][j]);
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println ("\nDataset 'Copy2' in file 'copy2.h5' contains: ");
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dread_wrap (dataset2, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, bufnew);
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i = 0;i < DIM1; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (j = 0;j < DIM2; j++)
|
||||||
|
System.out.print (bufnew[i][j]);
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
ret = H5Dclose_wrap (dataset1);
|
||||||
|
ret = H5Dclose_wrap (dataset2);
|
||||||
|
ret = H5Fclose_wrap (file1);
|
||||||
|
ret = H5Fclose_wrap (file2);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing file
|
||||||
|
public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing dataset
|
||||||
|
public static int H5Dopen_wrap (int loc_id, String name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Opening an existing dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dopen (loc_id, name);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new simple dataspace and opening it
|
||||||
|
// for access
|
||||||
|
public static int H5Screate_simple_wrap (int rank, long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Screate_simple (rank, dims, maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Screate_simple_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Screate_simple_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for getting an identifier for a copy of
|
||||||
|
// the dataspace for a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dget_space_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Returning an identifier for a copy of the dataspace for a dataset
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Dget_space (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dget_space_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dget_space_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for selecting array elements to be included in
|
||||||
|
// the selection for the space_id dataspace.
|
||||||
|
public static int H5Sselect_elements_wrap (int space_id, int op,
|
||||||
|
int num_elements,
|
||||||
|
long coord2D[][])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
status = H5.H5Sselect_elements (space_id, op, num_elements,
|
||||||
|
coord2D);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Sselect_elements_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Sselect_elements_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new dataspace which is an exact
|
||||||
|
// copy of the dataspace identified by space_id.
|
||||||
|
public static int H5Scopy_wrap (int space_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Scopy(space_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println ("Copy.H5Scopy_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println ("Copy.H5Scopy_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dcreate_wrap (int loc_id, String name, int type_id,
|
||||||
|
int space_id, int create_plist_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dcreate (loc_id, name, type_id, space_id,
|
||||||
|
create_plist_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for writing the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dwrite_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object buf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Write the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dwrite (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dwrite_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dwrite_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for reading the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dread_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object obj)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Read the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dread (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, obj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dread_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dread_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the data space.
|
||||||
|
public static int H5Sclose_wrap (int dataspace_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5.H5Sclose (dataspace_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Sclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Sclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for ending access to the dataset and releasing
|
||||||
|
// resources used by it.
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("Copy.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
302
doc/html/Tutor/examples/java/CreateAttribute.java
Normal file
302
doc/html/Tutor/examples/java/CreateAttribute.java
Normal file
@ -0,0 +1,302 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateAttribute.java (for HDF5 tutorial lesson 7)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating and Writing a dataset attribute
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_crtatt.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateAttribute
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "dset.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
int attribute_id = -1;
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
long[] dims = new long[1];
|
||||||
|
int[] attr_data = new int[2];
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Initialize the attribute data.
|
||||||
|
attr_data[0] = 100;
|
||||||
|
attr_data[1] = 200;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Open an existing file.
|
||||||
|
file_id = H5Fopen_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Open an existing dataset.
|
||||||
|
dataset_id = H5Dopen_wrap (file_id, "/dset");
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the data space for the attribute.
|
||||||
|
dims[0] = 2;
|
||||||
|
dataspace_id = H5Screate_simple_wrap (1, dims, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a dataset attribute.
|
||||||
|
attribute_id = H5Acreate_wrap
|
||||||
|
(dataset_id, "attr",
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_STD_I32BE),
|
||||||
|
dataspace_id, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write the attribute data.
|
||||||
|
status = H5Awrite_wrap
|
||||||
|
(attribute_id,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
attr_data);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the attribute.
|
||||||
|
status = H5Aclose_wrap (attribute_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the dataspace.
|
||||||
|
status = H5Sclose_wrap (dataspace_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close to the dataset.
|
||||||
|
status = H5Dclose_wrap (dataset_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the file.
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing file
|
||||||
|
public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing dataset
|
||||||
|
public static int H5Dopen_wrap (int loc_id, String name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Opening an existing dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dopen (loc_id, name);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Dopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Dopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the data space for the attribute.
|
||||||
|
public static int H5Screate_simple_wrap (int rank, long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Screate_simple (rank, dims, maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Screate_simple_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Screate_simple_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a dataset attribute.
|
||||||
|
public static int H5Acreate_wrap (int loc_id, String name, int type_id,
|
||||||
|
int space_id, int create_plist)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int attribute_id = -1; // attribute identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the dataset
|
||||||
|
attribute_id = H5.H5Acreate (loc_id, name, type_id, space_id,
|
||||||
|
create_plist);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Acreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Acreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return attribute_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for writing the attribute data.
|
||||||
|
public static int H5Awrite_wrap (int attr_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
Object buf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Write the attribute data.
|
||||||
|
status = H5.H5Awrite (attr_id, mem_type_id, buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Awrite_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Awrite_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for closing the attribute
|
||||||
|
public static int H5Aclose_wrap (int attribute_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Close the dataset
|
||||||
|
status = H5.H5Aclose (attribute_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Aclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Aclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for closing the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Close the dataset
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for closing the dataspace
|
||||||
|
public static int H5Sclose_wrap (int dataspace_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5.H5Sclose (dataspace_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Sclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Sclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateAttribute.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
210
doc/html/Tutor/examples/java/CreateDataset.java
Normal file
210
doc/html/Tutor/examples/java/CreateDataset.java
Normal file
@ -0,0 +1,210 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateDataset.java (for HDF5 tutorial lesson 5)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating a HDF5 Dataset
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_crtdat.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateDataset
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "dset.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
long[] dims = new long[2];
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a new file using default properties.
|
||||||
|
file_id = H5Fcreate_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dims[0] = 4;
|
||||||
|
dims[1] = 6;
|
||||||
|
dataspace_id = H5Screate_simple_wrap (2, dims, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the dataset.
|
||||||
|
dataset_id =
|
||||||
|
H5Dcreate_wrap (file_id, "/dset",
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_STD_I32BE),
|
||||||
|
dataspace_id, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5Dclose_wrap (dataset_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5Sclose_wrap (dataspace_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the file.
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new simple dataspace and opening it
|
||||||
|
// for access
|
||||||
|
public static int H5Screate_simple_wrap (int rank, long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Screate_simple (rank, dims, maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Screate_simple_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Screate_simple_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dcreate_wrap (int loc_id, String name, int type_id,
|
||||||
|
int space_id, int create_plist_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dcreate (loc_id, name, type_id, space_id,
|
||||||
|
create_plist_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Dcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Dcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for ending access to the dataset and releasing
|
||||||
|
// resources used by it.
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the data space.
|
||||||
|
public static int H5Sclose_wrap (int dataspace_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5.H5Sclose (dataspace_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Sclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Sclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateDataset.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
83
doc/html/Tutor/examples/java/CreateFile.java
Normal file
83
doc/html/Tutor/examples/java/CreateFile.java
Normal file
@ -0,0 +1,83 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateFile.java (for HDF5 tutorial lesson 4)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating a HDF5 file
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_crtfile.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateFile
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "file.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
file_id = H5Fcreate_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFile.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFile.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println ("\nThe file name is: " + name);
|
||||||
|
System.out.println ("The file ID is: " + file_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFile.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFile.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
118
doc/html/Tutor/examples/java/CreateFileInput.java
Normal file
118
doc/html/Tutor/examples/java/CreateFileInput.java
Normal file
@ -0,0 +1,118 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateFileInput.java (for HDF5 tutorial Lesson 4)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating a HDF5 file
|
||||||
|
* (another java conversion from h5_crtfile.c, give user two options:
|
||||||
|
* one for library path and one for file name, if user chooses
|
||||||
|
* nothing, then the default file name is used.)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.lang.System;
|
||||||
|
import java.util.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateFileInput
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// The run command should be like:
|
||||||
|
// "./runCreateFileInput -l /usr/lib/hdf5.dll -f ./open.h5"
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
String libpath = null;
|
||||||
|
String filename = null;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int i = 0; i < argv.length; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if ("-l".equalsIgnoreCase (argv[i]))
|
||||||
|
libpath = argv[++i];
|
||||||
|
|
||||||
|
if ("-f".equalsIgnoreCase (argv[i]))
|
||||||
|
filename = argv[++i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (libpath != null)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Properties pros = System.getProperties ();
|
||||||
|
pros.put (H5.H5PATH_PROPERTY_KEY, libpath);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
this function call could be used in Java 1.2
|
||||||
|
System.setProperty (H5.H5PATH_PROPERTY_KEY, libpath);
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (filename == null)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
filename = "file.h5"; // if no input file name, use the default name
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
file_id = H5Fcreate_wrap (filename,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (filename, file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFileInput.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFileInput.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println ("\nThe file name is: " + name);
|
||||||
|
System.out.println ("The file ID is: " + file_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (String name, int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFileInput.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateFileInput.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
139
doc/html/Tutor/examples/java/CreateGroup.java
Normal file
139
doc/html/Tutor/examples/java/CreateGroup.java
Normal file
@ -0,0 +1,139 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateGroup.java (for HDF5 tutorial lesson 8)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating and closing a group
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_crtgrp.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateGroup
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "group.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int group_id = -1; // group identifier
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a new file using default properties.
|
||||||
|
file_id = H5Fcreate_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a group named "/MyGroup" in the file.
|
||||||
|
group_id = H5Gcreate_wrap (file_id, "/MyGroup", 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the group.
|
||||||
|
status = H5Gclose_wrap (group_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the file.
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a group named "/MyGroup" in the file.
|
||||||
|
public static int H5Gcreate_wrap (int loc_id, String name, int size_hint)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int group_id = -1; // group identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a group
|
||||||
|
group_id = H5.H5Gcreate (loc_id, name, size_hint);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Gcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Gcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return group_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for closing the group
|
||||||
|
public static int H5Gclose_wrap (int group_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Close the group
|
||||||
|
status = H5.H5Gclose (group_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Gclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Gclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroup.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
152
doc/html/Tutor/examples/java/CreateGroupAR.java
Normal file
152
doc/html/Tutor/examples/java/CreateGroupAR.java
Normal file
@ -0,0 +1,152 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateGroupAR.java (for HDF5 tutorial lesson 9)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating groups using absolute and relative names.
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_crtgrpar.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateGroupAR
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "groups.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int group1_id = -1; // group identifier
|
||||||
|
int group2_id = -1;
|
||||||
|
int group3_id = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a new file using default properties.
|
||||||
|
file_id = H5Fcreate_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create group "MyGroup" in the root group using absolute name.
|
||||||
|
group1_id = H5Gcreate_wrap (file_id, "/MyGroup", 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create group "Group_A" in group "MyGroup" using absolute name.
|
||||||
|
group2_id = H5Gcreate_wrap (file_id, "/MyGroup/Group_A", 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create group "Group_B" in group "MyGroup" using relative name.
|
||||||
|
group3_id = H5Gcreate_wrap (group1_id, "Group_B", 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close groups.
|
||||||
|
status = H5Gclose_wrap (group1_id);
|
||||||
|
status = H5Gclose_wrap (group2_id);
|
||||||
|
status = H5Gclose_wrap (group3_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the file.
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a group named "/MyGroup" in the file.
|
||||||
|
public static int H5Gcreate_wrap (int loc_id, String name, int size_hint)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int group_id = -1; // group identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a group
|
||||||
|
group_id = H5.H5Gcreate (loc_id, name, size_hint);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Gcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Gcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return group_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for closing the group
|
||||||
|
public static int H5Gclose_wrap (int group_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Close the group
|
||||||
|
status = H5.H5Gclose (group_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Gclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Gclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupAR.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
340
doc/html/Tutor/examples/java/CreateGroupDataset.java
Normal file
340
doc/html/Tutor/examples/java/CreateGroupDataset.java
Normal file
@ -0,0 +1,340 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* CreateGroupDataset.java (for HDF5 tutorial lesson 10)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Creating a dataset in a particular group
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_crtgrpd.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class CreateGroupDataset
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "groups.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int group_id = -1; // group identifier
|
||||||
|
int dataset_id;
|
||||||
|
int dataspace_id;
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
long[] dims = new long[2];
|
||||||
|
int[][] dset1_data = new int[3][3];
|
||||||
|
int[][] dset2_data = new int[2][10];
|
||||||
|
int i = -1, j = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Initialize the first dataset.
|
||||||
|
for (i = 0; i < 3; i++)
|
||||||
|
for (j = 0; j < 3; j++)
|
||||||
|
dset1_data[i][j] = j + 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Initialize the second dataset.
|
||||||
|
for (i = 0; i < 2; i++)
|
||||||
|
for (j = 0; j < 10; j++)
|
||||||
|
dset2_data[i][j] = j + 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Open an existing file.
|
||||||
|
file_id = H5Fopen_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the data space for the first dataset.
|
||||||
|
dims[0] = 3;
|
||||||
|
dims[1] = 3;
|
||||||
|
dataspace_id = H5Screate_simple_wrap (2, dims, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a dataset in group "MyGroup".
|
||||||
|
dataset_id =
|
||||||
|
H5Dcreate_wrap (file_id, "/MyGroup/dset1",
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_STD_I32BE),
|
||||||
|
dataspace_id, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write the first dataset.
|
||||||
|
status = H5Dwrite_wrap
|
||||||
|
(dataset_id,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, dset1_data);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the data space for the first dataset.
|
||||||
|
status = H5Sclose_wrap (dataspace_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the first dataset.
|
||||||
|
status = H5Dclose_wrap (dataset_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Open an existing group of the specified file.
|
||||||
|
group_id = H5Gopen_wrap (file_id, "/MyGroup/Group_A");
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the data space for the second dataset.
|
||||||
|
dims[0] = 2;
|
||||||
|
dims[1] = 10;
|
||||||
|
dataspace_id = H5Screate_simple_wrap (2, dims, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create the second dataset in group "Group_A".
|
||||||
|
dataset_id =
|
||||||
|
H5Dcreate_wrap (group_id, "dset2",
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_STD_I32BE),
|
||||||
|
dataspace_id, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write the second dataset.
|
||||||
|
status = H5Dwrite_wrap
|
||||||
|
(dataset_id,
|
||||||
|
H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, dset2_data);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the data space for the second dataset.
|
||||||
|
status = H5Sclose_wrap (dataspace_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the second dataset
|
||||||
|
status = H5Dclose_wrap (dataset_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the group.
|
||||||
|
status = H5Gclose_wrap (group_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the file.
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing file
|
||||||
|
public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new simple dataspace and opening it
|
||||||
|
// for access
|
||||||
|
public static int H5Screate_simple_wrap (int rank, long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Screate_simple (rank, dims, maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Screate_simple_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Screate_simple_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dcreate_wrap (int loc_id, String name, int type_id,
|
||||||
|
int space_id, int create_plist_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dcreate (loc_id, name, type_id, space_id,
|
||||||
|
create_plist_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Dcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Dcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for writing the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dwrite_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object buf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Write the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dwrite (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Dwrite_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Dwrite_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the data space.
|
||||||
|
public static int H5Sclose_wrap (int dataspace_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5.H5Sclose (dataspace_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Sclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Sclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for ending access to the dataset and releasing
|
||||||
|
// resources used by it.
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening a group
|
||||||
|
public static int H5Gopen_wrap (int loc_id, String name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int group_id = -1; // group identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a group
|
||||||
|
group_id = H5.H5Gopen (loc_id, name);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Gopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Gopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return group_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for closing the group
|
||||||
|
public static int H5Gclose_wrap (int group_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Close the group
|
||||||
|
status = H5.H5Gclose (group_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Gclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Gclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("CreateGroupDataset.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
213
doc/html/Tutor/examples/java/DatasetRdWt.java
Normal file
213
doc/html/Tutor/examples/java/DatasetRdWt.java
Normal file
@ -0,0 +1,213 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* DatasetRdWt.java (for HDF5 tutorial lesson 6)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Reading and Writing an existing Dataset
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_rdwt.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class DatasetRdWt
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main(String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "dset.h5";
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
int[][] dset_data = new int[4][6];
|
||||||
|
|
||||||
|
// Initialize the dataset.
|
||||||
|
for (int i = 0; i < 4; i++)
|
||||||
|
for (int j = 0; j < 6; j++)
|
||||||
|
dset_data[i][j] = i * 6 + j + 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Open an existing file
|
||||||
|
file_id = H5Fopen_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Open an existing dataset.
|
||||||
|
dataset_id = H5Dopen_wrap (file_id, "/dset");
|
||||||
|
|
||||||
|
// Write the dataset.
|
||||||
|
status = H5Dwrite_wrap
|
||||||
|
(dataset_id, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, dset_data);
|
||||||
|
|
||||||
|
status = H5Dread_wrap
|
||||||
|
(dataset_id, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, dset_data);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the dataset.
|
||||||
|
status = H5Dclose_wrap (dataset_id);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Close the file.
|
||||||
|
status = H5Fclose_wrap (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing file
|
||||||
|
public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing dataset
|
||||||
|
public static int H5Dopen_wrap (int loc_id, String name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Opening an existing dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dopen (loc_id, name);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for writing the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dwrite_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object buf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Write the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dwrite (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dwrite_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dwrite_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for reading the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dread_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object obj)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Read the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dread (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, obj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dread_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dread_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for ending access to the dataset and releasing
|
||||||
|
// resources used by it.
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
590
doc/html/Tutor/examples/java/HyperSlab.java
Normal file
590
doc/html/Tutor/examples/java/HyperSlab.java
Normal file
@ -0,0 +1,590 @@
|
|||||||
|
/******************************************************************
|
||||||
|
* HyperSlab.java (for HDF5 tutorial lesson 12)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* -- Writing and reading a hyperslab
|
||||||
|
* (a java conversion from h5_hyperslab.c)
|
||||||
|
*
|
||||||
|
******************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.*;
|
||||||
|
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class HyperSlab
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public static void main (String []argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
final String FILE = "sds.h5";
|
||||||
|
final String DATASETNAME = "IntArray";
|
||||||
|
final int NX_SUB = 3; /* hyperslab dimensions */
|
||||||
|
final int NY_SUB = 4;
|
||||||
|
final int NX = 7; /* output buffer dimensions */
|
||||||
|
final int NY = 7;
|
||||||
|
final int NZ = 3;
|
||||||
|
final int RANK = 2;
|
||||||
|
final int RANK_OUT = 3;
|
||||||
|
final int X = 5; /* dataset dimensions */
|
||||||
|
final int Y = 6;
|
||||||
|
|
||||||
|
long[] dimsf = new long[2]; /* dataset dimensions */
|
||||||
|
int[][] data = new int[X][Y]; /* data to write */
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Data and output buffer initialization.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
int file, dataset; /* handles */
|
||||||
|
int dataspace;
|
||||||
|
int memspace;
|
||||||
|
long[] dimsm = new long[3]; /* memory space dimensions */
|
||||||
|
long[] dims_out = new long[2]; /* dataset dimensions */
|
||||||
|
int status;
|
||||||
|
|
||||||
|
int[][][] data_out = new int[NX][NY][NZ]; /* output buffer */
|
||||||
|
|
||||||
|
long[] count = new long[2]; /* size of the hyperslab in the file */
|
||||||
|
long[] offset = new long[2]; /* hyperslab offset in the file */
|
||||||
|
long[] count_out = new long[3]; /* size of the hyperslab in memory */
|
||||||
|
long[] offset_out = new long[3]; /* hyperslab offset in memory */
|
||||||
|
int i, j, k, status_n, rank;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*********************************************************
|
||||||
|
This writes data to the HDF5 file.
|
||||||
|
*********************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Data and output buffer initialization.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
for (j = 0; j < X; j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (i = 0; i < Y; i++)
|
||||||
|
data[j][i] = i + j;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* 0 1 2 3 4 5
|
||||||
|
* 1 2 3 4 5 6
|
||||||
|
* 2 3 4 5 6 7
|
||||||
|
* 3 4 5 6 7 8
|
||||||
|
* 4 5 6 7 8 9
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create a new file using H5F_ACC_TRUNC access,
|
||||||
|
* the default file creation properties, and the default file
|
||||||
|
* access properties.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
file = H5Fcreate_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Describe the size of the array and create the data space for fixed
|
||||||
|
* size dataset.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
dimsf[0] = X;
|
||||||
|
dimsf[1] = Y;
|
||||||
|
dataspace = H5Screate_simple_wrap (RANK, dimsf, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Create a new dataset within the file using defined dataspace and
|
||||||
|
* default dataset creation properties.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
dataset = H5Dcreate_wrap
|
||||||
|
(file, DATASETNAME, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_STD_I32BE),
|
||||||
|
dataspace, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Write the data to the dataset using default transfer properties.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
status = H5Dwrite_wrap
|
||||||
|
(dataset, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, data);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Close/release resources.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
H5Sclose_wrap (dataspace);
|
||||||
|
H5Dclose_wrap (dataset);
|
||||||
|
H5Fclose_wrap (file);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*************************************************************
|
||||||
|
|
||||||
|
This reads the hyperslab from the sds.h5 file just
|
||||||
|
created, into a 2-dimensional plane of the 3-dimensional
|
||||||
|
array.
|
||||||
|
|
||||||
|
************************************************************/
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < NX; j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (i = 0; i < NY; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (k = 0; k < NZ ; k++)
|
||||||
|
data_out[j][i][k] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Open the file and the dataset.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
file = H5Fopen_wrap (FILE, HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||||
|
dataset = H5Dopen_wrap (file, DATASETNAME);
|
||||||
|
|
||||||
|
dataspace = H5Dget_space_wrap (dataset); /* dataspace handle */
|
||||||
|
rank = H5Sget_simple_extent_ndims_wrap (dataspace);
|
||||||
|
status_n = H5Sget_simple_extent_dims_wrap (dataspace, dims_out, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println ("Rank: " + rank);
|
||||||
|
System.out.println ("Dimensions: "+ dims_out[0] + " x " + dims_out[1]);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Define hyperslab in the dataset.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
offset[0] = 1;
|
||||||
|
offset[1] = 2;
|
||||||
|
count[0] = NX_SUB;
|
||||||
|
count[1] = NY_SUB;
|
||||||
|
status = H5Sselect_hyperslab_wrap (dataspace,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_SELECT_SET,
|
||||||
|
offset, null, count, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Define the memory dataspace.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
dimsm[0] = NX;
|
||||||
|
dimsm[1] = NY;
|
||||||
|
dimsm[2] = NZ;
|
||||||
|
memspace = H5Screate_simple_wrap (RANK_OUT, dimsm, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Define memory hyperslab.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
offset_out[0] = 3;
|
||||||
|
offset_out[1] = 0;
|
||||||
|
offset_out[2] = 0;
|
||||||
|
count_out[0] = NX_SUB;
|
||||||
|
count_out[1] = NY_SUB;
|
||||||
|
count_out[2] = 1;
|
||||||
|
status = H5Sselect_hyperslab_wrap (memspace,
|
||||||
|
HDF5Constants.H5S_SELECT_SET,
|
||||||
|
offset_out, null, count_out, null);
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Read data from hyperslab in the file into the hyperslab in
|
||||||
|
* memory and display.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
status =
|
||||||
|
H5Dread_wrap (dataset, H5.J2C (HDF5CDataTypes.JH5T_NATIVE_INT),
|
||||||
|
memspace, dataspace, HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||||
|
data_out);
|
||||||
|
|
||||||
|
System.out.println ("Data:");
|
||||||
|
for (j = 0; j < NX; j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (i = 0; i < NY; i++)
|
||||||
|
System.out.print (data_out[j][i][0]);
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
System.out.println ();
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
* 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
* 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
* 3 4 5 6 0 0 0
|
||||||
|
* 4 5 6 7 0 0 0
|
||||||
|
* 5 6 7 8 0 0 0
|
||||||
|
* 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Close and release resources.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
H5Dclose_wrap (dataset);
|
||||||
|
H5Sclose_wrap (dataspace);
|
||||||
|
H5Sclose_wrap (memspace);
|
||||||
|
H5Fclose_wrap (file);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new file
|
||||||
|
public static int H5Fcreate_wrap (String name, int flags,
|
||||||
|
int create_id, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fcreate (name, flags, create_id, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Fcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Fcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing file
|
||||||
|
public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for opening an existing dataset
|
||||||
|
public static int H5Dopen_wrap (int loc_id, String name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Opening an existing dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dopen (loc_id, name);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a new simple dataspace and opening it
|
||||||
|
// for access
|
||||||
|
public static int H5Screate_simple_wrap (int rank, long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1; // dataspace identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the data space for the dataset.
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Screate_simple (rank, dims, maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Screate_simple_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Screate_simple_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for getting an identifier for a copy of
|
||||||
|
// the dataspace for a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dget_space_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataspace_id = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Returning an identifier for a copy of the dataspace for a dataset
|
||||||
|
dataspace_id = H5.H5Dget_space (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dget_space_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dget_space_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataspace_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for determining the dimensionality (or rank) of
|
||||||
|
// a dataspace
|
||||||
|
public static int H5Sget_simple_extent_ndims_wrap (int space_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int rank = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Determine the dimensionality (or rank) of a dataspace.
|
||||||
|
rank = H5.H5Sget_simple_extent_ndims (space_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sget_simple_extent_ndims_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sget_simple_extent_ndims_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return rank;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for returning the size and maximum sizes of each
|
||||||
|
// dimension of a dataspace through the dims and maxdims parameters.
|
||||||
|
public static int H5Sget_simple_extent_dims_wrap (int space_id,
|
||||||
|
long dims[],
|
||||||
|
long maxdims[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dimension_number = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dimension_number = H5.H5Sget_simple_extent_dims (space_id, dims,
|
||||||
|
maxdims);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sget_simple_extent_dims_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sget_simple_extent_dims_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dimension_number;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for selecting a hyperslab region to add to the
|
||||||
|
// current selected region for the dataspace specified by space_id.
|
||||||
|
public static int H5Sselect_hyperslab_wrap (int space_id, int op,
|
||||||
|
long start[], long stride[],
|
||||||
|
long count[], long block[])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
status = H5.H5Sselect_hyperslab (space_id, op, start, stride,
|
||||||
|
count, block);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sselect_hyperslab_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sselect_hyperslab_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for creating a dataset
|
||||||
|
public static int H5Dcreate_wrap (int loc_id, String name, int type_id,
|
||||||
|
int space_id, int create_plist_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int dataset_id = -1; // dataset identifier
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create the dataset
|
||||||
|
dataset_id = H5.H5Dcreate (loc_id, name, type_id, space_id,
|
||||||
|
create_plist_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dcreate_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dcreate_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return dataset_id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for writing the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dwrite_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object buf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Write the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dwrite (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dwrite_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dwrite_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for reading the dataset
|
||||||
|
public static int H5Dread_wrap (int dataset_id, int mem_type_id,
|
||||||
|
int mem_space_id, int file_space_id,
|
||||||
|
int xfer_plist_id, Object obj)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Read the dataset.
|
||||||
|
status = H5.H5Dread (dataset_id, mem_type_id, mem_space_id,
|
||||||
|
file_space_id, xfer_plist_id, obj);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dread_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dread_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the data space.
|
||||||
|
public static int H5Sclose_wrap (int dataspace_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the data space.
|
||||||
|
status = H5.H5Sclose (dataspace_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Sclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for ending access to the dataset and releasing
|
||||||
|
// resources used by it.
|
||||||
|
public static int H5Dclose_wrap (int dataset_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// End access to the dataset and release resources used by it.
|
||||||
|
status = H5.H5Dclose (dataset_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Dclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Help function for terminating access to the file.
|
||||||
|
public static int H5Fclose_wrap (int file_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int status = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Terminate access to the file.
|
||||||
|
status = H5.H5Fclose (file_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Fclose_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("HyperSlab.H5Fclose_wrap() with other exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return status;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
92
doc/html/Tutor/examples/java/Makefile
Normal file
92
doc/html/Tutor/examples/java/Makefile
Normal file
@ -0,0 +1,92 @@
|
|||||||
|
# Generated automatically from Makefile.in by configure.
|
||||||
|
# /*=======================================================================
|
||||||
|
# UNIVERSITY OF ILLINOIS (UI), NATIONAL CENTER FOR SUPERCOMPUTING
|
||||||
|
# APPLICATIONS (NCSA), Software Distribution Policy for Public Domain
|
||||||
|
# Software
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# NCSA HDF Version 5 source code and documentation are in the public
|
||||||
|
# domain, available without fee for education, research, non-commercial and
|
||||||
|
# commercial purposes. Users may distribute the binary or source code to
|
||||||
|
# third parties provided that this statement appears on all copies and that
|
||||||
|
# no charge is made for such copies.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# UI MAKES NO REPRESENTATIONS ABOUT THE SUITABILITY OF THE SOFTWARE FOR ANY
|
||||||
|
# PURPOSE. IT IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT EXPRESS OR IMPLIED WARRANTY. THE
|
||||||
|
# UI SHALL NOT BE LIABLE FOR ANY DAMAGES SUFFERED BY THE USER OF THIS
|
||||||
|
# SOFTWARE. The software may have been developed under agreements between
|
||||||
|
# the UI and the Federal Government which entitle the Government to certain
|
||||||
|
# rights.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# We ask, but do not require that the following message be include in all
|
||||||
|
# derived works:
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Portions developed at the National Center for Supercomputing Applications
|
||||||
|
# at the University of Illinois at Urbana-Champaign.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# By copying this program, you, the user, agree to abide by the conditions
|
||||||
|
# and understandings with respect to any software which is marked with a
|
||||||
|
# public domain notice.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# =======================================================================*/
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
JAVAC = /usr/java1.2/bin/javac
|
||||||
|
FIND = /bin/find
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=/usr/java1.2/jre/lib/rt.jar:/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.SUFFIXES: .java .class
|
||||||
|
|
||||||
|
.java.class:
|
||||||
|
$(JAVAC) -classpath $(CLASSPATH) $<
|
||||||
|
|
||||||
|
tutorial: ./Compound.class \
|
||||||
|
./Copy.class \
|
||||||
|
./CreateAttribute.class \
|
||||||
|
./CreateDataset.class \
|
||||||
|
./CreateFile.class \
|
||||||
|
./CreateFileInput.class \
|
||||||
|
./CreateGroup.class \
|
||||||
|
./CreateGroupAR.class \
|
||||||
|
./CreateGroupDataset.class \
|
||||||
|
./DatasetRdWt.class \
|
||||||
|
./HyperSlab.class
|
||||||
|
chmod u+x *.sh
|
||||||
|
|
||||||
|
clean: clean-classes
|
||||||
|
|
||||||
|
distclean: clean-classes clean-data
|
||||||
|
rm config.cache config.status config.log
|
||||||
|
rm -rf ./Makefile
|
||||||
|
|
||||||
|
clean-classes:
|
||||||
|
$(FIND) . \( -name '#*' -o -name '*~' -o -name '*.class' \) -exec rm -f {} \; ;\
|
||||||
|
|
||||||
|
clean-data:
|
||||||
|
rm -rf *.h5
|
||||||
|
|
||||||
|
Compound: ./Compound.class
|
||||||
|
Copy: ./Copy.class
|
||||||
|
CreateAttribute: ./CreateAttribute.class
|
||||||
|
CreateDataset: ./CreateDataset.class
|
||||||
|
CreateFile: ./CreateFile.class
|
||||||
|
CreateFileInput: ./CreateFileInput.class
|
||||||
|
CreateGroup: ./CreateGroup.class
|
||||||
|
CreateGroupAR: ./CreateGroupAR.class
|
||||||
|
CreateGroupDataset: ./CreateGroupDataset.class
|
||||||
|
DatasetRdWt: ./DatasetRdWt.class
|
||||||
|
HyperSlab: ./HyperSlab.class
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSES= ./Compound.class \
|
||||||
|
./Copy.class \
|
||||||
|
./CreateAttribute.class \
|
||||||
|
./CreateDataset.class \
|
||||||
|
./CreateFileInput.class \
|
||||||
|
./CreateFile.class \
|
||||||
|
./CreateGroup.class \
|
||||||
|
./CreateGroupAR.class \
|
||||||
|
./CreateGroupDataset.class \
|
||||||
|
./DatasetRdWt.class \
|
||||||
|
./HyperSlab.class
|
@ -1,22 +1,91 @@
|
|||||||
# HDF5 Library Makefile(.in)
|
# /*=======================================================================
|
||||||
#
|
# UNIVERSITY OF ILLINOIS (UI), NATIONAL CENTER FOR SUPERCOMPUTING
|
||||||
# Copyright (C) 2001 National Center for Supercomputing Applications.
|
# APPLICATIONS (NCSA), Software Distribution Policy for Public Domain
|
||||||
# All rights reserved.
|
# Software
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
# NCSA HDF Version 5 source code and documentation are in the public
|
||||||
|
# domain, available without fee for education, research, non-commercial and
|
||||||
|
# commercial purposes. Users may distribute the binary or source code to
|
||||||
|
# third parties provided that this statement appears on all copies and that
|
||||||
|
# no charge is made for such copies.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# UI MAKES NO REPRESENTATIONS ABOUT THE SUITABILITY OF THE SOFTWARE FOR ANY
|
||||||
|
# PURPOSE. IT IS PROVIDED "AS IS" WITHOUT EXPRESS OR IMPLIED WARRANTY. THE
|
||||||
|
# UI SHALL NOT BE LIABLE FOR ANY DAMAGES SUFFERED BY THE USER OF THIS
|
||||||
|
# SOFTWARE. The software may have been developed under agreements between
|
||||||
|
# the UI and the Federal Government which entitle the Government to certain
|
||||||
|
# rights.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# We ask, but do not require that the following message be include in all
|
||||||
|
# derived works:
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Portions developed at the National Center for Supercomputing Applications
|
||||||
|
# at the University of Illinois at Urbana-Champaign.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# By copying this program, you, the user, agree to abide by the conditions
|
||||||
|
# and understandings with respect to any software which is marked with a
|
||||||
|
# public domain notice.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# =======================================================================*/
|
||||||
#
|
#
|
||||||
top_srcdir=@top_srcdir@
|
|
||||||
top_builddir=../../../../..
|
|
||||||
srcdir=@srcdir@
|
|
||||||
@COMMENCE@
|
|
||||||
|
|
||||||
# Subdirectories in build-order (not including `examples')
|
|
||||||
SUBDIRS=
|
|
||||||
DOCDIR=$(docdir)/hdf5/Tutor/examples
|
|
||||||
|
|
||||||
# Public doc files (to be installed)...
|
JAVAC = @JAVAC@
|
||||||
PUB_DOCS=
|
FIND = @FIND@
|
||||||
|
|
||||||
# Other doc files (not to be installed)...
|
CLASSPATH=@CLASSPATH@
|
||||||
PRIVATE_DOCS=
|
|
||||||
|
|
||||||
@CONCLUDE@
|
|
||||||
|
.SUFFIXES: .java .class
|
||||||
|
|
||||||
|
.java.class:
|
||||||
|
$(JAVAC) -classpath $(CLASSPATH) $<
|
||||||
|
|
||||||
|
tutorial: ./Compound.class \
|
||||||
|
./Copy.class \
|
||||||
|
./CreateAttribute.class \
|
||||||
|
./CreateDataset.class \
|
||||||
|
./CreateFile.class \
|
||||||
|
./CreateFileInput.class \
|
||||||
|
./CreateGroup.class \
|
||||||
|
./CreateGroupAR.class \
|
||||||
|
./CreateGroupDataset.class \
|
||||||
|
./DatasetRdWt.class \
|
||||||
|
./HyperSlab.class
|
||||||
|
chmod u+x *.sh
|
||||||
|
|
||||||
|
clean: clean-classes
|
||||||
|
|
||||||
|
distclean: clean-classes clean-data
|
||||||
|
rm config.cache config.status config.log
|
||||||
|
rm -rf ./Makefile
|
||||||
|
|
||||||
|
clean-classes:
|
||||||
|
$(FIND) . \( -name '#*' -o -name '*~' -o -name '*.class' \) -exec rm -f {} \; ;\
|
||||||
|
|
||||||
|
clean-data:
|
||||||
|
rm -rf *.h5
|
||||||
|
|
||||||
|
Compound: ./Compound.class
|
||||||
|
Copy: ./Copy.class
|
||||||
|
CreateAttribute: ./CreateAttribute.class
|
||||||
|
CreateDataset: ./CreateDataset.class
|
||||||
|
CreateFile: ./CreateFile.class
|
||||||
|
CreateFileInput: ./CreateFileInput.class
|
||||||
|
CreateGroup: ./CreateGroup.class
|
||||||
|
CreateGroupAR: ./CreateGroupAR.class
|
||||||
|
CreateGroupDataset: ./CreateGroupDataset.class
|
||||||
|
DatasetRdWt: ./DatasetRdWt.class
|
||||||
|
HyperSlab: ./HyperSlab.class
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSES= ./Compound.class \
|
||||||
|
./Copy.class \
|
||||||
|
./CreateAttribute.class \
|
||||||
|
./CreateDataset.class \
|
||||||
|
./CreateFileInput.class \
|
||||||
|
./CreateFile.class \
|
||||||
|
./CreateGroup.class \
|
||||||
|
./CreateGroupAR.class \
|
||||||
|
./CreateGroupDataset.class \
|
||||||
|
./DatasetRdWt.class \
|
||||||
|
./HyperSlab.class
|
||||||
|
21
doc/html/Tutor/examples/java/README
Normal file
21
doc/html/Tutor/examples/java/README
Normal file
@ -0,0 +1,21 @@
|
|||||||
|
These files are Java versions of the example programs used in
|
||||||
|
the HDF-5 tutoral:
|
||||||
|
http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/
|
||||||
|
|
||||||
|
The examples here correspond to the examples explained in the first 13
|
||||||
|
sections of the tutorial.
|
||||||
|
|
||||||
|
Lesson C program Java program Topic
|
||||||
|
|
||||||
|
4 h5_crtfile.c CreateFile.java Create an HDF-5 file.
|
||||||
|
5 h5_crtdat.c CreateDataset.java Create a dataset.
|
||||||
|
6 h5_rdwt.c DatasetRdWt.java Write/Read a dataset.
|
||||||
|
7 h5_crtatt.c CreateAttribute.java Create an attribute.
|
||||||
|
8 h5_crtgrp.c CreateGroup.java Create a group.
|
||||||
|
9 h5_crtgrpar.c CreateGroupAR.java Abs. and Rel. paths.
|
||||||
|
10 h5_crtgrpd.c CreateGroupDataset.java Create dataset in grp.
|
||||||
|
|
||||||
|
11 h5_compound.c Compound.java Compound datatype
|
||||||
|
12 h5_hyperslab.c Hyperslab.java Selection of hyperslab
|
||||||
|
13 h5_copy.c Copy.java Selection of elements
|
||||||
|
|
192
doc/html/Tutor/examples/java/readme.html
Normal file
192
doc/html/Tutor/examples/java/readme.html
Normal file
@ -0,0 +1,192 @@
|
|||||||
|
<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
|
||||||
|
<html>
|
||||||
|
<head>
|
||||||
|
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
|
||||||
|
<meta name="GENERATOR" content="Mozilla/4.61 [en] (WinNT; I) [Netscape]">
|
||||||
|
<title>readme</title>
|
||||||
|
</head>
|
||||||
|
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" link="#0000EE" vlink="#551A8B" alink="#FF0000">
|
||||||
|
|
||||||
|
<h3>
|
||||||
|
<b>HDF 5 Tutorial Examples in Java</b></h3>
|
||||||
|
|
||||||
|
<p><br>These files are Java versions of the example programs used in the
|
||||||
|
HDF-5 tutoral:
|
||||||
|
<br> <a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/">http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/</a>
|
||||||
|
<p>The examples here correspond to the examples explained in the first
|
||||||
|
13 sections of the tutorial.
|
||||||
|
<br>
|
||||||
|
<br>
|
||||||
|
<table BORDER CELLPADDING=2 WIDTH="100%" >
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td>
|
||||||
|
<center><b>Lesson</b></center>
|
||||||
|
</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>
|
||||||
|
<center><b>Topic</b></center>
|
||||||
|
</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>
|
||||||
|
<center><b>C file</b></center>
|
||||||
|
</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>
|
||||||
|
<center><b>Java file</b></center>
|
||||||
|
</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/crtfile.html">Lesson
|
||||||
|
4</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Create an HDF-5 file.</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_crtfile.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>CreateFile.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/crtdat.html">Lesson
|
||||||
|
5</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Create a Dataset in an HDF-5 file</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_crtdat.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>CreateDataset.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/rdwt.html">Lesson 6</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Write and Read data in a dataset</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_rdwt.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>DatasetRdWt.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/crtatt.html">Lesson
|
||||||
|
7</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Create an attribute.</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_crtatt.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>CreateAttribute.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/crtgrp.html">Lesson
|
||||||
|
8</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Create a group.</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_crtgrp.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>CreateGroup.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/crtgrpar.html">Lesson
|
||||||
|
9</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Using Absolute and relative paths</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_crtgrpar.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>CreateGroupAR.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/crtgrpd.html">Lesson
|
||||||
|
10</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Create a dataset in a group.</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_crtgrpd.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>CreateGroupDataset.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/compound.html">Lesson
|
||||||
|
11</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Using Compound Datatypes</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_compound.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Compound.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/select.html">Lesson
|
||||||
|
12</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Selection of a hyperslab.</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_hyperslab.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Hyperslab.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
|
||||||
|
<tr>
|
||||||
|
<td><a href="http://hdf.ncsa.uiuc.edu/training/hdf5/selectc.html">Lesson
|
||||||
|
13</a></td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Selection of elements.</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>h5_copy.c</td>
|
||||||
|
|
||||||
|
<td>Copy.java</td>
|
||||||
|
</tr>
|
||||||
|
</table>
|
||||||
|
|
||||||
|
<p>
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||||||
|
<hr><b>Some Explanation About Tutorial Examples</b>
|
||||||
|
<p>The Java tutorial programs try to stay close to the corresponding C
|
||||||
|
program. The main function's structure almost same as C program, with one
|
||||||
|
call for each HDF5 library function. For example, where the C program has
|
||||||
|
a call to <b>H5Fopen()</b>, the Java program has a call to <b>H5Fopen_wrap()</b>.
|
||||||
|
<p>The wrapper functions call the HDF-5 library using the Java HDF-5 Interface
|
||||||
|
(JHI5). The HDF-5 C interface returns error codes; these are represented
|
||||||
|
by Java Exceptions in the JHI5. The wrapper function catches the exception
|
||||||
|
and prints a message.
|
||||||
|
<p>For example, the <b>H5Fopen_wrap() </b>method calls the JHI5, and catches
|
||||||
|
any exceptions which may occur:
|
||||||
|
<pre> <b>public static int H5Fopen_wrap (String name, int flags, int access_id)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int file_id = -1; // file identifier
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Create a new file using default file properties.
|
||||||
|
file_id = H5.H5Fopen (name, flags, access_id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (HDF5Exception hdf5e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Fopen_wrap() with HDF5Exception: "
|
||||||
|
+ hdf5e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (Exception e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
System.out.println
|
||||||
|
("DatasetRdWt.H5Fopen_wrap() with other Exception: "
|
||||||
|
+ e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file_id;
|
||||||
|
}</b></pre>
|
||||||
|
|
||||||
|
<p><br>
|
||||||
|
<hr noshade size=1><a href="http://www.ncsa.uiuc.edu/"><img SRC="http://www.ncsa.uiuc.edu/Images/NCSAhome/footerlogo.gif" ALT="NCSA" BORDER=0 ></a>
|
||||||
|
<br><font face="arial,helvetica"><font size=-1><a href="http://www.ncsa.uiuc.edu/">The
|
||||||
|
National Center for Supercomputing Applications</a></font></font>
|
||||||
|
<br><font face="arial,helvetica"><font size=-1><a href="http://www.uiuc.edu/">University
|
||||||
|
of Illinois at Urbana-Champaign</a></font></font>
|
||||||
|
<p><font face="arial,helvetica"><font size=-1><a href="mailto:hdfhelp@ncsa.uiuc.edu">hdfhelp@ncsa.uiuc.edu</a></font></font>
|
||||||
|
</body>
|
||||||
|
</html>
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCompound.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCompound.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java Compound $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCompound.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCompound.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ Compound $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCopy.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCopy.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java Copy $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCopy.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCopy.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ Copy $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateAttribute.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateAttribute.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateAttribute $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateAttribute.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateAttribute.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateAttribute $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateDataset.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateDataset.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateDataset $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateDataset.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateDataset.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateDataset $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFile.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFile.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateFile $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFile.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFile.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateFile $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFileInput.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFileInput.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateFileInput $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFileInput.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateFileInput.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateFileInput $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroup.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroup.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateGroup $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroup.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroup.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
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|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
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||||||
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||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateGroup $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupAR.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupAR.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateGroupAR $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupAR.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupAR.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
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||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateGroupAR $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupDataset.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupDataset.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java CreateGroupDataset $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupDataset.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runCreateGroupDataset.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
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||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ CreateGroupDataset $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runDatasetRdWt.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runDatasetRdWt.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java DatasetRdWt $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runDatasetRdWt.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runDatasetRdWt.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ DatasetRdWt $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runHyperSlab.sh
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runHyperSlab.sh
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=/afs/ncsa/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/New5
|
||||||
|
HDF5LIB=/afs/ncsa/projects/hdf/release/prehdf5-1.2.1/SunOS_5.7/lib
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=/afs/ncsa.uiuc.edu/projects/hdf/java/java2/mcgrath/arabica/java-hdf5
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/solaris"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
/usr/java1.2/bin/java HyperSlab $*
|
17
doc/html/Tutor/examples/java/runHyperSlab.sh.in
Normal file
17
doc/html/Tutor/examples/java/runHyperSlab.sh.in
Normal file
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
#!/bin/sh
|
||||||
|
|
||||||
|
JH5INSTALLDIR=@JH5INST@
|
||||||
|
HDF5LIB=@HDF5LIB@
|
||||||
|
|
||||||
|
#make this relative to the source root...
|
||||||
|
PWD=@PWD@
|
||||||
|
LIBDIR=$JH5INSTALLDIR"/lib"
|
||||||
|
|
||||||
|
CLASSPATH=".:"$LIBDIR"/jhdf5.jar"
|
||||||
|
|
||||||
|
LD_LIBRARY_PATH=$HDF5LIB":"$LIBDIR"/@JAVATARG@"
|
||||||
|
|
||||||
|
export CLASSPATH
|
||||||
|
export LD_LIBRARY_PATH
|
||||||
|
|
||||||
|
@JAVA@ HyperSlab $*
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