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https://github.com/HDFGroup/hdf5.git
synced 2025-04-24 17:51:25 +08:00
[svn-r30313] HDFFV-9972: unsatisfied link error under debug on Windows.
Added windows name suffix for debug to CMake cmd_arg for examples and test. Fix issues discovered under debug testing; Create a version of H5Iget_name that correctly returns the name. Rework PIN_JAVA_STRING macro and usage to eliminate possible memory leaks by using if-else instead of mid-routine return. Update example to use new H5Iget_name API. Tested: windows under debug
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Allen Byrne
parent
f14e4b3e20
commit
737bb56735
java
examples
datasets
datatypes
groups
intro
src
hdf/hdf5lib
jni
test
@ -63,7 +63,11 @@ endforeach (HDFJAVA_JAR)
|
||||
|
||||
MACRO (ADD_H5_TEST resultfile resultcode)
|
||||
if (CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
if (WIN32)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_D;")
|
||||
else()
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
endif()
|
||||
endif(CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
add_test (
|
||||
NAME JAVA_datasets-${resultfile}
|
||||
|
||||
@ -63,7 +63,11 @@ endforeach (HDFJAVA_JAR)
|
||||
|
||||
MACRO (ADD_H5_TEST resultfile resultcode)
|
||||
if (CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
if (WIN32)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_D;")
|
||||
else()
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
endif()
|
||||
endif(CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
add_test (
|
||||
NAME JAVA_datatypes-${resultfile}
|
||||
|
||||
@ -256,11 +256,10 @@ public class H5Ex_T_ObjectReference {
|
||||
object_id = H5.H5Rdereference(dataset_id, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5R_OBJECT, dset_data[indx]);
|
||||
object_type = H5.H5Rget_obj_type(dataset_id, HDF5Constants.H5R_OBJECT, dset_data[indx]);
|
||||
}
|
||||
String[] obj_name = new String[1];
|
||||
long name_size = 1;
|
||||
String obj_name = null;
|
||||
if (object_type >= 0) {
|
||||
// Get the length of the name and retrieve the name.
|
||||
name_size = 1 + H5.H5Iget_name(object_id, obj_name, name_size);
|
||||
obj_name = H5.H5Iget_name(object_id);
|
||||
}
|
||||
if ((object_id >= 0) && (object_type >= -1)) {
|
||||
switch (H5G_obj.get(object_type)) {
|
||||
@ -299,8 +298,7 @@ public class H5Ex_T_ObjectReference {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// Print the name.
|
||||
if (name_size > 1)
|
||||
System.out.println(": " + obj_name[0]);
|
||||
System.out.println(": " + obj_name);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception e) {
|
||||
e.printStackTrace();
|
||||
|
||||
@ -289,11 +289,10 @@ public class H5Ex_T_ObjectReferenceAttribute {
|
||||
object_id = H5.H5Rdereference(dataset_id, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5R_OBJECT, dset_data[indx]);
|
||||
object_type = H5.H5Rget_obj_type(dataset_id, HDF5Constants.H5R_OBJECT, dset_data[indx]);
|
||||
}
|
||||
String[] obj_name = new String[1];
|
||||
long name_size = 1;
|
||||
String obj_name = null;
|
||||
if (object_type >= 0) {
|
||||
// Get the length of the name and retrieve the name.
|
||||
name_size = 1 + H5.H5Iget_name(object_id, obj_name, name_size);
|
||||
obj_name = H5.H5Iget_name(object_id);
|
||||
}
|
||||
if ((object_id >= 0) && (object_type >= -1)) {
|
||||
switch (H5G_obj.get(object_type)) {
|
||||
@ -332,8 +331,7 @@ public class H5Ex_T_ObjectReferenceAttribute {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// Print the name.
|
||||
if (name_size > 1)
|
||||
System.out.println(": " + obj_name[0]);
|
||||
System.out.println(": " + obj_name);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception e) {
|
||||
e.printStackTrace();
|
||||
|
||||
@ -62,7 +62,11 @@ add_custom_target(H5Ex_G_Visit_files ALL COMMENT "Copying files needed by H5Ex_G
|
||||
|
||||
MACRO (ADD_H5_TEST resultfile resultcode)
|
||||
if (CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
if (WIN32)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_D;")
|
||||
else()
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
endif()
|
||||
endif(CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
add_test (
|
||||
NAME JAVA_groups-${resultfile}
|
||||
|
||||
@ -64,7 +64,11 @@ endforeach (example ${HDF_JAVA_OBJECT_EXAMPLES})
|
||||
|
||||
MACRO (ADD_H5_TEST resultfile resultcode)
|
||||
if (CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
if (WIN32)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_D;")
|
||||
else()
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
endif()
|
||||
endif(CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
add_test (
|
||||
NAME JAVA_intro-${resultfile}
|
||||
|
||||
@ -3351,8 +3351,22 @@ public class H5 implements java.io.Serializable {
|
||||
|
||||
public synchronized static native long H5Iget_file_id(long obj_id) throws HDF5LibraryException;
|
||||
|
||||
@Deprecated
|
||||
public synchronized static native long H5Iget_name(long obj_id, String[] name, long size)
|
||||
throws HDF5LibraryException, NullPointerException;
|
||||
/**
|
||||
* H5Iget_name_str retrieves the name of an object specified by the identifier, obj_id.
|
||||
*
|
||||
* @param obj_id
|
||||
* IN: Identifier of the object.
|
||||
*
|
||||
* @return String for Attribute name.
|
||||
*
|
||||
* @exception HDF5LibraryException
|
||||
* - Error from the HDF-5 Library.
|
||||
**/
|
||||
public synchronized static native String H5Iget_name_str(long obj_id)
|
||||
throws HDF5LibraryException;
|
||||
|
||||
public synchronized static native int H5Iget_ref(long obj_id) throws HDF5LibraryException, NullPointerException;
|
||||
|
||||
|
||||
@ -57,6 +57,9 @@ SET_GLOBAL_VARIABLE (HDF5_LIBRARIES_TO_EXPORT "${HDF5_LIBRARIES_TO_EXPORT};${HDF
|
||||
H5_SET_LIB_OPTIONS (${HDF5_JAVA_JNI_LIB_TARGET} ${HDF5_JAVA_JNI_LIB_NAME} SHARED ${HDF5_JAVA_PACKAGE_SOVERSION})
|
||||
if (WIN32)
|
||||
get_filename_component (HDF5_JAVA_JNI_DLL_NAME ${HDF5_JAVA_JNI_LIB_TARGET} NAME_WE)
|
||||
if (CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
set (HDF5_JAVA_JNI_DLL_NAME "${HDF5_JAVA_JNI_DLL_NAME}_D")
|
||||
endif ()
|
||||
# message (STATUS "HDF5_JAVA_JNI_DLL_NAME: ${HDF5_JAVA_JNI_DLL_NAME}")
|
||||
if (BUILD_TESTING)
|
||||
add_custom_target (HDF5_JAVA_JNI-Test-Copy ALL
|
||||
|
||||
@ -67,14 +67,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Acreate
|
||||
hid_t attr_id = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
attr_id = H5Acreate2((hid_t)loc_id, aName, (hid_t)type_id, (hid_t)space_id, (hid_t)create_plist, (hid_t)H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
attr_id = H5Acreate2((hid_t)loc_id, aName, (hid_t)type_id, (hid_t)space_id, (hid_t)create_plist, (hid_t)H5P_DEFAULT);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
if (attr_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (attr_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)attr_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Acreate */
|
||||
@ -91,14 +92,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen_1name
|
||||
hid_t attr_id = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
attr_id = H5Aopen_name((hid_t)loc_id, aName);
|
||||
|
||||
attr_id = H5Aopen_name((hid_t)loc_id, aName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name,aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name,aName);
|
||||
|
||||
if (attr_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (attr_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)attr_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen_1name */
|
||||
@ -242,8 +244,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1name
|
||||
ssize_t buf_size;
|
||||
|
||||
/* get the length of the name */
|
||||
buf_size = H5Aget_name((hid_t)attr_id, NULL, 0);
|
||||
|
||||
buf_size = H5Aget_name((hid_t)attr_id, 0, NULL);
|
||||
if (buf_size <= 0) {
|
||||
h5badArgument(env, "H5Aget_name: buf_size <= 0");
|
||||
} /* end if */
|
||||
@ -299,14 +300,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Adelete
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
status = H5Adelete((hid_t)loc_id, aName);
|
||||
|
||||
status = H5Adelete((hid_t)loc_id, aName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Adelete */
|
||||
@ -344,15 +346,16 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Acreate2
|
||||
hid_t status = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
status = H5Acreate2((hid_t)loc_id, aName, (hid_t)type_id,
|
||||
(hid_t)space_id, (hid_t)create_plist, (hid_t)access_plist );
|
||||
|
||||
status = H5Acreate2((hid_t)loc_id, aName, (hid_t)type_id,
|
||||
(hid_t)space_id, (hid_t)create_plist, (hid_t)access_plist );
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Acreate2 */
|
||||
@ -371,14 +374,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen
|
||||
hid_t retVal = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Aopen((hid_t)obj_id, aName, (hid_t)access_plist);
|
||||
|
||||
retVal = H5Aopen((hid_t)obj_id, aName, (hid_t)access_plist);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen */
|
||||
@ -395,15 +399,16 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen_1by_1idx
|
||||
hid_t retVal = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Aopen_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t)order, (hsize_t)n, (hid_t)aapl_id, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
retVal = H5Aopen_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t)order, (hsize_t)n, (hid_t)aapl_id, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, aName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen_1by_1idx */
|
||||
@ -421,15 +426,16 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Acreate_1by_1name
|
||||
const char *aName;
|
||||
const char *attrName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
if (aName != NULL && attrName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Acreate_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, (hid_t)type_id,
|
||||
(hid_t)space_id, (hid_t)acpl_id, (hid_t)aapl_id, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
retVal = H5Acreate_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, (hid_t)type_id,
|
||||
(hid_t)space_id, (hid_t)acpl_id, (hid_t)aapl_id, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Acreate_1by_1name */
|
||||
@ -443,20 +449,23 @@ JNIEXPORT jboolean JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aexists_1by_1name
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id, jstring obj_name, jstring attr_name, jlong lapl_id)
|
||||
{
|
||||
htri_t retVal = -1;
|
||||
htri_t bval = JNI_FALSE;
|
||||
const char *aName;
|
||||
const char *attrName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName, JNI_FALSE);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
if (aName != NULL && attrName != NULL) {
|
||||
bval = H5Aexists_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
retVal = H5Aexists_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
|
||||
return (jboolean)retVal;
|
||||
return (jboolean)bval;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aexists_1by_1name */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -472,14 +481,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Arename
|
||||
const char *oName;
|
||||
const char *nName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(old_attr_name, oName, new_attr_name, nName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(old_attr_name, oName, new_attr_name, nName);
|
||||
if (oName != NULL && nName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Arename((hid_t)loc_id, oName, nName);
|
||||
|
||||
retVal = H5Arename((hid_t)loc_id, oName, nName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(old_attr_name, oName, new_attr_name, nName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(old_attr_name, oName, new_attr_name, nName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Arename */
|
||||
@ -499,14 +509,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Arename_1by_1name
|
||||
const char *oName;
|
||||
const char *nName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE(obj_name, aName, old_attr_name, oName, new_attr_name, nName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE(obj_name, aName, old_attr_name, oName, new_attr_name, nName);
|
||||
if (aName != NULL && oName != NULL && nName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Arename_by_name((hid_t)loc_id, aName, oName, nName, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
retVal = H5Arename_by_name((hid_t)loc_id, aName, oName, nName, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(obj_name, aName, old_attr_name, oName, new_attr_name, nName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(obj_name, aName, old_attr_name, oName, new_attr_name, nName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Arename_1by_1name */
|
||||
@ -526,44 +537,45 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1name_1by_1idx
|
||||
jstring str = NULL;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(obj_name, aName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
/* get the length of the attribute name */
|
||||
status_size = H5Aget_name_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t) order, (hsize_t) n, (char*)NULL, (size_t)0, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
/* get the length of the attribute name */
|
||||
status_size = H5Aget_name_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t) order, (hsize_t) n, (char*)NULL, (size_t)0, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
if(status_size < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buf_size = (size_t)status_size + 1;/* add extra space for the null terminator */
|
||||
|
||||
aValue = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * buf_size);
|
||||
if (aValue == NULL) {
|
||||
if(status_size < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Aget_name_by_idx: malloc failed ");
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status_size = H5Aget_name_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t) order, (hsize_t) n, (char*)aValue, (size_t)buf_size, (hid_t)lapl_id);
|
||||
buf_size = (size_t)status_size + 1;/* add extra space for the null terminator */
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
|
||||
if (status_size < 0) {
|
||||
HDfree(aValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
aValue = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * buf_size);
|
||||
if (aValue == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Aget_name_by_idx: malloc failed ");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR aValue);
|
||||
HDfree(aValue);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
/* exception -- fatal JNI error */
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Aget_name_by_idx: return string not created");
|
||||
status_size = H5Aget_name_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t) order, (hsize_t) n, (char*)aValue, (size_t)buf_size, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
|
||||
if (status_size < 0) {
|
||||
HDfree(aValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR aValue);
|
||||
HDfree(aValue);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
/* exception -- fatal JNI error */
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Aget_name_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
return str;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1name_1by_1idx */
|
||||
|
||||
@ -628,23 +640,24 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1info_1by_1idx
|
||||
jobject ret_obj = NULL;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(obj_name, aName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
status = H5Aget_info_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t)order, (hsize_t)n, &ainfo, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
status = H5Aget_info_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type,
|
||||
(H5_iter_order_t)order, (hsize_t)n, &ainfo, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].z = ainfo.corder_valid;
|
||||
args[1].j = ainfo.corder;
|
||||
args[2].i = ainfo.cset;
|
||||
args[3].j = (jlong)ainfo.data_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5A_info_t", "(ZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end else */
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].z = ainfo.corder_valid;
|
||||
args[1].j = ainfo.corder;
|
||||
args[2].i = ainfo.cset;
|
||||
args[3].j = (jlong)ainfo.data_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5A_info_t", "(ZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1info_1by_1idx */
|
||||
|
||||
@ -664,22 +677,23 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1info_1by_1name
|
||||
jvalue args[4];
|
||||
jobject ret_obj = NULL;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
if (aName != NULL && attrName != NULL) {
|
||||
status = H5Aget_info_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, &ainfo, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
status = H5Aget_info_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, &ainfo, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].z = ainfo.corder_valid;
|
||||
args[1].j = ainfo.corder;
|
||||
args[2].i = ainfo.cset;
|
||||
args[3].j = (jlong)ainfo.data_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5A_info_t", "(ZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end else */
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].z = ainfo.corder_valid;
|
||||
args[1].j = ainfo.corder;
|
||||
args[2].i = ainfo.cset;
|
||||
args[3].j = (jlong)ainfo.data_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5A_info_t", "(ZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aget_1info_1by_1name */
|
||||
|
||||
@ -696,14 +710,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Adelete_1by_1name
|
||||
const char *aName;
|
||||
const char *attrName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
if (aName != NULL && attrName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Adelete_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
retVal = H5Adelete_by_name((hid_t)loc_id, aName, attrName, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, aName, attr_name, attrName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Adelete_1by_1name */
|
||||
@ -720,16 +735,17 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aexists
|
||||
htri_t bval = JNI_FALSE;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(attr_name, aName, JNI_FALSE);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(attr_name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
bval = H5Aexists((hid_t)obj_id, aName);
|
||||
|
||||
bval = H5Aexists((hid_t)obj_id, aName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(attr_name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(attr_name, aName);
|
||||
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jboolean)bval;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aexists */
|
||||
@ -746,14 +762,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Adelete_1by_1idx
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *aName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(obj_name, aName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
if (aName != NULL) {
|
||||
status = H5Adelete_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)n, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
status = H5Adelete_by_idx((hid_t)loc_id, aName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)n, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(obj_name, aName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Adelete_1by_1idx */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -770,14 +787,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen_1by_1name
|
||||
const char *aName;
|
||||
const char *oName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, oName, attr_name, aName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, oName, attr_name, aName);
|
||||
if (oName != NULL && aName != NULL) {
|
||||
status = H5Aopen_by_name((hid_t)loc_id, oName, aName, (hid_t)aapl_id, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
status = H5Aopen_by_name((hid_t)loc_id, oName, aName, (hid_t)aapl_id, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, oName, attr_name, aName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(obj_name, oName, attr_name, aName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Aopen_1by_1name */
|
||||
@ -892,14 +910,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Aiterate_1by_1name
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Literate_by_name: op_data or callback_op is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Aiterate_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t*)&start_idx, (H5A_operator2_t)H5A_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Aiterate_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t*)&start_idx, (H5A_operator2_t)H5A_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
|
||||
@ -161,14 +161,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dcreate
|
||||
hid_t dset_id = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
dset_id = H5Dcreate2((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)type_id, (hid_t)space_id, H5P_DEFAULT, (hid_t)create_plist_id, H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
dset_id = H5Dcreate2((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)type_id, (hid_t)space_id, H5P_DEFAULT, (hid_t)create_plist_id, H5P_DEFAULT);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)dset_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dcreate */
|
||||
@ -185,13 +186,14 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dopen
|
||||
hid_t dset_id = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
dset_id = H5Dopen2((hid_t)loc_id, fileName, H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
dset_id = H5Dopen2((hid_t)loc_id, fileName, H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)dset_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dopen */
|
||||
@ -285,7 +287,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Dread
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong dataset_id, jlong mem_type_id, jlong mem_space_id,
|
||||
jlong file_space_id, jlong xfer_plist_id, jbyteArray buf, jboolean isCriticalPinning)
|
||||
{
|
||||
herr_t status;
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
jbyte *buffP;
|
||||
jboolean isCopy;
|
||||
htri_t data_class;
|
||||
@ -341,7 +343,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Dwrite
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong dataset_id, jlong mem_type_id, jlong mem_space_id,
|
||||
jlong file_space_id, jlong xfer_plist_id, jbyteArray buf, jboolean isCriticalPinning)
|
||||
{
|
||||
herr_t status;
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
jbyte *buffP;
|
||||
jboolean isCopy;
|
||||
htri_t data_class;
|
||||
@ -1445,13 +1447,14 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dcreate2
|
||||
hid_t dset_id = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
dset_id = H5Dcreate2((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)type_id, (hid_t)space_id, (hid_t)link_plist_id, (hid_t)create_plist_id, (hid_t)access_plist_id);
|
||||
|
||||
dset_id = H5Dcreate2((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)type_id, (hid_t)space_id, (hid_t)link_plist_id, (hid_t)create_plist_id, (hid_t)access_plist_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)dset_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dcreate2 */
|
||||
@ -1465,16 +1468,17 @@ JNIEXPORT jlong JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dopen2
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id, jstring name, jlong access_plist)
|
||||
{
|
||||
hid_t dset_id;
|
||||
hid_t dset_id = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
dset_id = H5Dopen2((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)access_plist);
|
||||
|
||||
dset_id = H5Dopen2((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)access_plist);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (dset_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)dset_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Dopen2 */
|
||||
@ -1585,39 +1589,40 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Dfill
|
||||
|
||||
if (buf == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Dfill: buf is NULL");
|
||||
return;
|
||||
} /* end if */
|
||||
buffP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR buf, &isCopy2);
|
||||
if (buffP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Dfill: buf not pinned");
|
||||
return;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
if(fill) {
|
||||
fillP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR fill, &isCopy1);
|
||||
if (fillP == NULL) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Dfill: fill not pinned");
|
||||
return;
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
fillP = NULL;
|
||||
|
||||
status = H5Dfill((const void*)fillP, (hid_t)fill_type_id, (void*)buffP, (hid_t)buf_type_id, (hid_t)space_id);
|
||||
if(fillP) {
|
||||
/* free the buffer without copying back */
|
||||
/* end if */ ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR fill, fillP, JNI_ABORT);
|
||||
}
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
if (isCopy2 == JNI_TRUE) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, 0);
|
||||
buffP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR buf, &isCopy2);
|
||||
if (buffP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Dfill: buf not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
else {
|
||||
if(fill) {
|
||||
fillP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR fill, &isCopy1);
|
||||
if (fillP == NULL) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Dfill: fill not pinned");
|
||||
return;
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
fillP = NULL;
|
||||
|
||||
status = H5Dfill((const void*)fillP, (hid_t)fill_type_id, (void*)buffP, (hid_t)buf_type_id, (hid_t)space_id);
|
||||
if(fillP) {
|
||||
/* free the buffer without copying back */
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR fill, fillP, JNI_ABORT);
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
if (isCopy2 == JNI_TRUE) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, 0);
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Dfill */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -1638,35 +1643,35 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Dset_1extent
|
||||
|
||||
if (buf == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Dset_extent: buf is NULL");
|
||||
return;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
rank = ENVPTR->GetArrayLength(ENVPAR buf);
|
||||
if (rank <= 0) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Dset_extent: rank <=0");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buffP = ENVPTR->GetLongArrayElements(ENVPAR buf, &isCopy);
|
||||
if (buffP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Dset_extent: buf not pinned");
|
||||
rank = ENVPTR->GetArrayLength(ENVPAR buf);
|
||||
if (rank <= 0) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Dset_extent: rank <=0");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
dims = (hsize_t*)HDmalloc((size_t)rank * sizeof(hsize_t));
|
||||
for (i = 0; i< rank; i++)
|
||||
dims[i] = (hsize_t)buffP[i];
|
||||
|
||||
status = H5Dset_extent((hid_t)loc_id, (hsize_t*)dims);
|
||||
|
||||
HDfree (dims);
|
||||
|
||||
/* free the buffer without copying back */
|
||||
ENVPTR->ReleaseLongArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
buffP = ENVPTR->GetLongArrayElements(ENVPAR buf, &isCopy);
|
||||
if (buffP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Dset_extent: buf not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
dims = (hsize_t*)HDmalloc((size_t)rank * sizeof(hsize_t));
|
||||
for (i = 0; i< rank; i++)
|
||||
dims[i] = (hsize_t)buffP[i];
|
||||
|
||||
status = H5Dset_extent((hid_t)loc_id, (hsize_t*)dims);
|
||||
|
||||
HDfree (dims);
|
||||
|
||||
/* free the buffer without copying back */
|
||||
ENVPTR->ReleaseLongArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Dset_1extent */
|
||||
|
||||
static herr_t
|
||||
@ -1747,34 +1752,32 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Diterate
|
||||
|
||||
if (op_data == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Diterate: op_data is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (callback_op == NULL) {
|
||||
else if (callback_op == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Diterate: callback_op is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
if (buf == NULL) {
|
||||
else if (buf == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Diterate: buf is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
buffP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR buf, &isCopy);
|
||||
if (buffP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Diterate: buf not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Diterate((void*)buffP, (hid_t)buf_type, (hid_t)space, (H5D_operator_t)H5D_iterate_cb, (void*)op_data);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
buffP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR buf, &isCopy);
|
||||
if (buffP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Diterate: buf not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
if (isCopy == JNI_TRUE) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, 0);
|
||||
status = H5Diterate((void*)buffP, (hid_t)buf_type, (hid_t)space, (H5D_operator_t)H5D_iterate_cb, (void*)op_data);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
if (isCopy == JNI_TRUE) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR buf, buffP, 0);
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Diterate */
|
||||
|
||||
@ -98,14 +98,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Eregister_1class
|
||||
const char* the_lib_name;
|
||||
const char* the_version;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE(cls_name, the_cls_name, lib_name, the_lib_name, version, the_version, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE(cls_name, the_cls_name, lib_name, the_lib_name, version, the_version);
|
||||
if (the_cls_name != NULL && the_lib_name != NULL && the_version != NULL) {
|
||||
ret_val = H5Eregister_class(the_cls_name, the_lib_name, the_version);
|
||||
|
||||
ret_val = H5Eregister_class(the_cls_name, the_lib_name, the_version);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(cls_name, the_cls_name, lib_name, the_lib_name, version, the_version);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(cls_name, the_cls_name, lib_name, the_lib_name, version, the_version);
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)ret_val;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Eregister_1class */
|
||||
@ -159,14 +160,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ecreate_1msg
|
||||
h5badArgument(env, "H5Ecreate_msg: invalid argument");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(err_msg, the_err_msg, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(err_msg, the_err_msg);
|
||||
if (the_err_msg != NULL) {
|
||||
ret_val = H5Ecreate_msg((hid_t)err_id, error_msg_type, the_err_msg);
|
||||
|
||||
ret_val = H5Ecreate_msg((hid_t)err_id, error_msg_type, the_err_msg);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(err_msg, the_err_msg);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(err_msg, the_err_msg);
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
return (jlong)ret_val;
|
||||
@ -305,7 +307,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Eget_1class_1name
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT void JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Eset_1current_1stack
|
||||
(JNIEnv *env, jclass cls, jlong stk_id)
|
||||
(JNIEnv *env, jclass cls, jlong stk_id)
|
||||
{
|
||||
if (stk_id < 0) {
|
||||
h5badArgument(env, "H5Eset_current_stack: invalid argument");
|
||||
@ -358,15 +360,16 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Epush2
|
||||
h5badArgument(env, "H5Epush: invalid minor_id argument");
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE0(filename, fName, funcname, fncName, err_desc, errMsg);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE(filename, fName, funcname, fncName, err_desc, errMsg);
|
||||
if (fName != NULL && fncName != NULL && errMsg != NULL) {
|
||||
ret_val = H5Epush2((hid_t)stk_id, fName, fncName, (unsigned)linenumber, (hid_t)class_id,
|
||||
(hid_t)major_id, (hid_t)minor_id, errMsg);
|
||||
|
||||
ret_val = H5Epush2((hid_t)stk_id, fName, fncName, (unsigned)linenumber, (hid_t)class_id,
|
||||
(hid_t)major_id, (hid_t)minor_id, errMsg);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(filename, fName, funcname, fncName, err_desc, errMsg);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(filename, fName, funcname, fncName, err_desc, errMsg);
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Epush2 */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -45,14 +45,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Fopen
|
||||
hid_t status = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
status = H5Fopen(fileName, (unsigned)flags, (hid_t)access_id );
|
||||
|
||||
status = H5Fopen(fileName, (unsigned)flags, (hid_t)access_id );
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Fopen */
|
||||
@ -69,14 +70,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Fcreate
|
||||
hid_t status = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
status = H5Fcreate(fileName, (unsigned)flags, create_id, access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Fcreate(fileName, (unsigned)flags, create_id, access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Fcreate */
|
||||
@ -152,16 +154,17 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Fis_1hdf5
|
||||
htri_t bval = JNI_FALSE;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, JNI_FALSE);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
bval = H5Fis_hdf5(fileName);
|
||||
|
||||
bval = H5Fis_hdf5(fileName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jboolean)bval;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Fis_1hdf5 */
|
||||
@ -251,14 +254,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Fmount
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
status = H5Fmount((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)child_id, (hid_t)plist_id);
|
||||
|
||||
status = H5Fmount((hid_t)loc_id, fileName, (hid_t)child_id, (hid_t)plist_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Fmount */
|
||||
@ -275,14 +279,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Funmount
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *fileName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
status = H5Funmount((hid_t)loc_id, fileName);
|
||||
|
||||
status = H5Funmount((hid_t)loc_id, fileName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, fileName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Funmount */
|
||||
|
||||
@ -69,33 +69,30 @@ create_H5G_info_t
|
||||
jclass cls;
|
||||
jboolean jmounted;
|
||||
jint storage_type;
|
||||
jobject obj;
|
||||
jobject obj = NULL;
|
||||
jfieldID fid_storage_type, fid_nlinks, fid_max_corder, fid_mounted;
|
||||
|
||||
cls = ENVPTR->FindClass(ENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5G_info_t");
|
||||
if (cls == NULL)
|
||||
return NULL;
|
||||
|
||||
obj = ENVPTR->AllocObject(ENVPAR cls);
|
||||
if (obj == NULL)
|
||||
return NULL;
|
||||
|
||||
fid_storage_type = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "storage_type", "I");
|
||||
fid_nlinks = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "nlinks", "J");
|
||||
fid_max_corder = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "max_corder", "J");
|
||||
fid_mounted = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "mounted", "Z");
|
||||
|
||||
if (fid_storage_type==NULL || fid_nlinks==NULL || fid_max_corder==NULL || fid_mounted == NULL)
|
||||
return NULL;
|
||||
|
||||
jmounted = (group_info.mounted==0) ? JNI_FALSE : JNI_TRUE;
|
||||
storage_type = (jint)group_info.storage_type;
|
||||
|
||||
ENVPTR->SetIntField(ENVPAR obj, fid_storage_type, (jint)storage_type);
|
||||
ENVPTR->SetLongField(ENVPAR obj, fid_nlinks, (jlong)group_info.nlinks);
|
||||
ENVPTR->SetLongField(ENVPAR obj, fid_max_corder, (jlong)group_info.max_corder);
|
||||
ENVPTR->SetBooleanField(ENVPAR obj, fid_mounted, jmounted);
|
||||
if (cls != NULL) {
|
||||
obj = ENVPTR->AllocObject(ENVPAR cls);
|
||||
if (obj != NULL) {
|
||||
if ((fid_storage_type = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "storage_type", "I")) != NULL) {
|
||||
if ((fid_nlinks = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "nlinks", "J")) != NULL) {
|
||||
if ((fid_max_corder = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "max_corder", "J")) != NULL) {
|
||||
if ((fid_mounted = ENVPTR->GetFieldID(ENVPAR cls, "mounted", "Z")) != NULL) {
|
||||
jmounted = (group_info.mounted==0) ? JNI_FALSE : JNI_TRUE;
|
||||
storage_type = (jint)group_info.storage_type;
|
||||
|
||||
ENVPTR->SetIntField(ENVPAR obj, fid_storage_type, (jint)storage_type);
|
||||
ENVPTR->SetLongField(ENVPAR obj, fid_nlinks, (jlong)group_info.nlinks);
|
||||
ENVPTR->SetLongField(ENVPAR obj, fid_max_corder, (jlong)group_info.max_corder);
|
||||
ENVPTR->SetBooleanField(ENVPAR obj, fid_mounted, jmounted);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return obj;
|
||||
} /* end create_H5G_info_t */
|
||||
|
||||
@ -112,13 +109,14 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Gcreate2
|
||||
hid_t group_id = -1;
|
||||
const char *gName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (gName != NULL) {
|
||||
group_id = H5Gcreate2((hid_t)loc_id, gName, (hid_t)link_plist_id, (hid_t)create_plist_id, (hid_t)access_plist_id );
|
||||
|
||||
group_id = H5Gcreate2((hid_t)loc_id, gName, (hid_t)link_plist_id, (hid_t)create_plist_id, (hid_t)access_plist_id );
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (group_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (group_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)group_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Gcreate2 */
|
||||
@ -153,14 +151,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Gopen2
|
||||
hid_t group_id = -1;
|
||||
const char *gName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (gName != NULL) {
|
||||
group_id = H5Gopen2((hid_t)loc_id, gName, (hid_t)access_plist_id );
|
||||
|
||||
group_id = H5Gopen2((hid_t)loc_id, gName, (hid_t)access_plist_id );
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
|
||||
if (group_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (group_id < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)group_id;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Gopen2 */
|
||||
@ -192,14 +191,15 @@ JNIEXPORT jobject JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info
|
||||
(JNIEnv *env, jclass cls, jlong loc_id)
|
||||
{
|
||||
jobject obj = NULL;
|
||||
H5G_info_t group_info;
|
||||
|
||||
if (H5Gget_info((hid_t)loc_id, &group_info) < 0) {
|
||||
if (H5Gget_info((hid_t)loc_id, &group_info) < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
obj = create_H5G_info_t(env, group_info);
|
||||
|
||||
return create_H5G_info_t(env, group_info);
|
||||
return obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -211,22 +211,24 @@ JNIEXPORT jobject JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info_1by_1name
|
||||
(JNIEnv *env, jclass cls, jlong loc_id, jstring name, jlong lapl_id)
|
||||
{
|
||||
jobject obj = NULL;
|
||||
herr_t ret_val = -1;
|
||||
const char *gName;
|
||||
H5G_info_t group_info;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (gName != NULL) {
|
||||
ret_val = H5Gget_info_by_name((hid_t)loc_id, gName, &group_info, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
ret_val = H5Gget_info_by_name((hid_t)loc_id, gName, &group_info, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
else
|
||||
obj = create_H5G_info_t(env, group_info);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
return create_H5G_info_t(env, group_info);
|
||||
return obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info_1by_1name */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -239,25 +241,27 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info_1by_1idx
|
||||
(JNIEnv *env, jclass cls, jlong loc_id, jstring name, jint index_type,
|
||||
jint order, jlong n, jlong lapl_id)
|
||||
{
|
||||
jobject obj = NULL;
|
||||
herr_t ret_val = -1;
|
||||
const char *gName;
|
||||
H5G_info_t group_info;
|
||||
H5_index_t cindex_type = (H5_index_t)index_type;
|
||||
H5_iter_order_t corder = (H5_iter_order_t)order;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (gName != NULL) {
|
||||
ret_val = H5Gget_info_by_idx((hid_t)loc_id, gName, cindex_type,
|
||||
corder, (hsize_t)n, &group_info, (hid_t)lapl_id);
|
||||
|
||||
ret_val = H5Gget_info_by_idx((hid_t)loc_id, gName, cindex_type,
|
||||
corder, (hsize_t)n, &group_info, (hid_t)lapl_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, gName);
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
else
|
||||
obj = create_H5G_info_t(env, group_info);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
return create_H5G_info_t(env, group_info);
|
||||
return obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info_1by_1idx */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -267,7 +271,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gget_1info_1by_1idx
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT void JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gflush
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
{
|
||||
if (H5Gflush((hid_t)loc_id) < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
@ -280,7 +284,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Gflush
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT void JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Grefresh
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
{
|
||||
if (H5Grefresh((hid_t)loc_id) < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
|
||||
@ -89,6 +89,45 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Iget_1name
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Iget_1name */
|
||||
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Class: hdf_hdf5lib_H5
|
||||
* Method: H5Iget_name_str
|
||||
* Signature: (J)Ljava/lang/String;
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT jstring JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Iget_1name_1str
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong obj_id)
|
||||
{
|
||||
char *aName;
|
||||
jstring str = NULL;
|
||||
ssize_t buf_size;
|
||||
|
||||
/* get the length of the name */
|
||||
buf_size = H5Iget_name((hid_t)obj_id, NULL, 0);
|
||||
|
||||
if (buf_size <= 0) {
|
||||
h5badArgument(env, "H5Iget_name: buf_size <= 0");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buf_size++; /* add extra space for the null terminator */
|
||||
aName = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * (size_t)buf_size);
|
||||
if (aName == NULL) {
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Iget_name: malloc failed");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buf_size = H5Iget_name((hid_t)obj_id, aName, (size_t)buf_size);
|
||||
if (buf_size < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR aName);
|
||||
}
|
||||
HDfree(aName);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return str;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Iget_1name */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Class: hdf_hdf5lib_H5
|
||||
* Method: H5Iget_ref
|
||||
|
||||
@ -41,6 +41,15 @@ JNIEXPORT jlong JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Iget_1name
|
||||
(JNIEnv*, jclass, jlong, jobjectArray, jlong);
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Class: hdf_hdf5lib_H5
|
||||
* Method: H5Iget_name_str
|
||||
* Signature: (J)Ljava/lang/String;
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT jstring JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Iget_1name_1str
|
||||
(JNIEnv*, jclass, jlong);
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Class: hdf_hdf5lib_H5
|
||||
* Method: H5Iget_ref
|
||||
|
||||
@ -67,29 +67,17 @@
|
||||
|
||||
|
||||
/* Macros for string access */
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING(javastr,localstr,retdefault) { \
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING(javastr,localstr) { \
|
||||
jboolean isCopy; \
|
||||
(localstr) = NULL; \
|
||||
if ((javastr) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "java string is NULL"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING0(javastr,localstr) { \
|
||||
jboolean isCopy; \
|
||||
if ((javastr) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "java string is NULL"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
return; \
|
||||
else { \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -97,49 +85,28 @@
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING_TWO(javastr,localstr,java2str,local2str,retdefault) { \
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING_TWO(javastr,localstr,java2str,local2str) { \
|
||||
jboolean isCopy; \
|
||||
(localstr) = NULL; \
|
||||
(local2str) = NULL; \
|
||||
if ((javastr) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "java string is NULL"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
if ((java2str) == NULL) { \
|
||||
else if ((java2str) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "second java string is NULL"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
(local2str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java2str), &isCopy); \
|
||||
if ((local2str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "second local c string is not pinned"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING_TWO0(javastr,localstr,java2str,local2str) { \
|
||||
jboolean isCopy; \
|
||||
if ((javastr) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "java string is NULL"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
if ((java2str) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "second java string is NULL"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
(local2str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java2str), &isCopy); \
|
||||
if ((local2str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "second local c string is not pinned"); \
|
||||
return; \
|
||||
else { \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
} \
|
||||
else { \
|
||||
(local2str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java2str), &isCopy); \
|
||||
if ((local2str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "second local c string is not pinned"); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -148,71 +115,40 @@
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (java2str), (local2str)); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING_THREE(javastr,localstr,java2str,local2str,java3str,local3str,retdefault) { \
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING_THREE(javastr,localstr,java2str,local2str,java3str,local3str) { \
|
||||
jboolean isCopy; \
|
||||
(localstr) = NULL; \
|
||||
(local2str) = NULL; \
|
||||
(local3str) = NULL; \
|
||||
if ((javastr) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "java string is NULL"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
if ((java2str) == NULL) { \
|
||||
else if ((java2str) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "second java string is NULL"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
if ((java3str) == NULL) { \
|
||||
else if ((java3str) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "third java string is NULL"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
(local2str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java2str), &isCopy); \
|
||||
if ((local2str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "second local c string is not pinned"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
(local3str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java3str), &isCopy); \
|
||||
if ((local3str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (java2str), (local2str)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "third local c string is not pinned"); \
|
||||
return (retdefault); \
|
||||
} \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define PIN_JAVA_STRING_THREE0(javastr,localstr,java2str,local2str,java3str,local3str) { \
|
||||
jboolean isCopy; \
|
||||
if ((javastr) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "java string is NULL"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
if ((java2str) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "second java string is NULL"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
if ((java3str) == NULL) { \
|
||||
h5nullArgument(env, "third java string is NULL"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
(local2str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java2str), &isCopy); \
|
||||
if ((local2str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "second local c string is not pinned"); \
|
||||
return; \
|
||||
} \
|
||||
(local3str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java3str), &isCopy); \
|
||||
if ((local3str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (java2str), (local2str)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "third local c string is not pinned"); \
|
||||
return; \
|
||||
else { \
|
||||
(localstr) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (javastr), &isCopy); \
|
||||
if ((localstr) == NULL) { \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "local c string is not pinned"); \
|
||||
} \
|
||||
else { \
|
||||
(local2str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java2str), &isCopy); \
|
||||
if ((local2str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "second local c string is not pinned"); \
|
||||
} \
|
||||
else { \
|
||||
(local3str) = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR (java3str), &isCopy); \
|
||||
if ((local3str) == NULL) { \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (javastr), (localstr)); \
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR (java2str), (local2str)); \
|
||||
h5JNIFatalError(env, "third local c string is not pinned"); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@ -52,14 +52,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcopy
|
||||
const char *lCurName;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO0(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
if (lCurName != NULL && lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Lcopy((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lcopy((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcopy */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -77,14 +78,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcreate_1external
|
||||
const char *lCurName;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE0(file_name, lFileName, cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_THREE(file_name, lFileName, cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
if (lFileName != NULL && lCurName != NULL && lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Lcreate_external(lFileName, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lcreate_external(lFileName, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(file_name, lFileName, cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_THREE(file_name, lFileName, cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcreate_1external */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -101,14 +103,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcreate_1hard
|
||||
const char *lCurName;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO0(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
if (lCurName != NULL && lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Lcreate_hard((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lcreate_hard((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcreate_1hard */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -125,14 +128,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcreate_1soft
|
||||
const char *lCurName;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO0(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
if (lCurName != NULL && lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Lcreate_soft(lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lcreate_soft(lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lcreate_1soft */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -147,14 +151,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ldelete
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *lName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(name, lName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Ldelete((hid_t)loc_id, lName, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Ldelete((hid_t)loc_id, lName, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ldelete */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -171,14 +176,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ldelete_1by_1idx
|
||||
herr_t status;
|
||||
const char *lName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(name, lName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Ldelete_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, n, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Ldelete_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, n, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ldelete_1by_1idx */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -193,16 +199,17 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lexists
|
||||
htri_t bval = JNI_FALSE;
|
||||
const char *lName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, JNI_FALSE);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
bval = H5Lexists((hid_t)loc_id, lName, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
bval = H5Lexists((hid_t)loc_id, lName, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jboolean)bval;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lexists */
|
||||
@ -222,26 +229,27 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1info
|
||||
H5L_info_t infobuf;
|
||||
const char *lName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Lget_info((hid_t)loc_id, lName, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lget_info((hid_t)loc_id, lName, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = infobuf.type;
|
||||
args[1].z = infobuf.corder_valid;
|
||||
args[2].j = infobuf.corder;
|
||||
args[3].i = infobuf.cset;
|
||||
if(infobuf.type==0)
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.address;
|
||||
else
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.val_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5L_info_t", "(IZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = infobuf.type;
|
||||
args[1].z = infobuf.corder_valid;
|
||||
args[2].j = infobuf.corder;
|
||||
args[3].i = infobuf.cset;
|
||||
if(infobuf.type==0)
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.address;
|
||||
else
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.val_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5L_info_t", "(IZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end else */
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1info */
|
||||
|
||||
@ -261,26 +269,27 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1info_1by_1idx
|
||||
H5L_info_t infobuf;
|
||||
const char *lName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Lget_info_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lget_info_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = infobuf.type;
|
||||
args[1].z = infobuf.corder_valid;
|
||||
args[2].j = infobuf.corder;
|
||||
args[3].i = infobuf.cset;
|
||||
if(infobuf.type==0)
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.address;
|
||||
else
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.val_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5L_info_t", "(IZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end els */
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = infobuf.type;
|
||||
args[1].z = infobuf.corder_valid;
|
||||
args[2].j = infobuf.corder;
|
||||
args[3].i = infobuf.cset;
|
||||
if(infobuf.type==0)
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.address;
|
||||
else
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.u.val_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5L_info_t", "(IZJIJ)V", args);
|
||||
} /* end els */
|
||||
}
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1info_1by_1idx */
|
||||
|
||||
@ -289,7 +298,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1info_1by_1idx
|
||||
* Method: H5Lget_name_by_idx
|
||||
* Signature: (JLjava/lang/String;IIJJ)Ljava/lang/String;
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT jobject JNICALL
|
||||
JNIEXPORT jstring JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1name_1by_1idx
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id, jstring name,
|
||||
jint index_field, jint order, jlong link_n, jlong access_id)
|
||||
@ -300,39 +309,38 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1name_1by_1idx
|
||||
const char *lName;
|
||||
char *lValue;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, NULL);
|
||||
|
||||
/* get the length of the link name */
|
||||
status_size = H5Lget_name_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (char*)NULL, (size_t)0, H5P_DEFAULT);
|
||||
if(status_size < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buf_size = (size_t)status_size + 1;/* add extra space for the null terminator */
|
||||
|
||||
lValue = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * buf_size);
|
||||
if (lValue == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Lget_name_by_idx: malloc failed ");
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
/* get the length of the link name */
|
||||
status_size = H5Lget_name_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (char*)NULL, (size_t)0, H5P_DEFAULT);
|
||||
if(status_size < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status_size = H5Lget_name_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (char*)lValue, (size_t)buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
buf_size = (size_t)status_size + 1;/* add extra space for the null terminator */
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status_size < 0) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
lValue = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * buf_size);
|
||||
if (lValue == NULL) {
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Lget_name_by_idx: malloc failed ");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR lValue);
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
if (str == NULL)
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_name_by_idx: return string not created");
|
||||
status_size = H5Lget_name_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (char*)lValue, (size_t)buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
if (status_size < 0) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR lValue);
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
if (str == NULL)
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_name_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return str;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1name_1by_1idx */
|
||||
|
||||
@ -354,79 +362,70 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1value
|
||||
const char *obj_name;
|
||||
jstring str;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, -1);
|
||||
|
||||
infobuf.type = -1;
|
||||
/* get the length of the link val */
|
||||
status = H5Lget_info((hid_t)loc_id, lName, &infobuf, H5P_DEFAULT);
|
||||
if(status < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buf_size = infobuf.u.val_size + 1;/* add extra space for the null terminator */
|
||||
|
||||
if(infobuf.type == H5L_TYPE_HARD) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: link is hard type");
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
/* get the length of the link val */
|
||||
status = H5Lget_info((hid_t)loc_id, lName, &infobuf, H5P_DEFAULT);
|
||||
if(status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
lValue = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * buf_size);
|
||||
if (lValue == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Lget_val: malloc failed");
|
||||
buf_size = infobuf.u.val_size + 1;/* add extra space for the null terminator */
|
||||
|
||||
if(infobuf.type == H5L_TYPE_HARD) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: link is hard type");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Lget_val((hid_t)loc_id, lName, (void*)lValue, buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
lValue = (char*)HDmalloc(sizeof(char) * buf_size);
|
||||
if (lValue == NULL) {
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Lget_val: malloc failed");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else if(infobuf.type == H5L_TYPE_EXTERNAL) {
|
||||
status = H5Lunpack_elink_val(lValue, (size_t)infobuf.u.val_size, (unsigned*)NULL, &file_name, &obj_name);
|
||||
else {
|
||||
status = H5Lget_val((hid_t)loc_id, lName, (void*)lValue, buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else if(infobuf.type == H5L_TYPE_EXTERNAL) {
|
||||
status = H5Lunpack_elink_val(lValue, (size_t)infobuf.u.val_size, (unsigned*)NULL, &file_name, &obj_name);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR obj_name);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 0, str);
|
||||
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR file_name);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 1, str);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR obj_name);
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR lValue);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
/* exception -- fatal JNI error */
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 0, str);
|
||||
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR file_name);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 1, str);
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR lValue);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
/* exception -- fatal JNI error */
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 0, str);
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
} /* end else */
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return infobuf.type;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1val */
|
||||
@ -450,80 +449,69 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1value_1by_1idx
|
||||
const char *obj_name;
|
||||
jstring str;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, -1);
|
||||
|
||||
infobuf.type = -1;
|
||||
/* get the length of the link valuee */
|
||||
status = H5Lget_info_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
if(status < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
buf_size = infobuf.u.val_size;
|
||||
if(buf_size < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
/* get the length of the link valuee */
|
||||
status = H5Lget_info_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
if(status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
lValue = (void*)HDmalloc(buf_size);
|
||||
if (lValue == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Lget_val_by_idx: malloc failed ");
|
||||
return -1;
|
||||
buf_size = infobuf.u.val_size;
|
||||
if(buf_size < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Lget_val_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (void*)lValue, (size_t)buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
lValue = (void*)HDmalloc(buf_size);
|
||||
if (lValue == NULL) {
|
||||
h5outOfMemory(env, "H5Lget_val_by_idx: malloc failed ");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else if(infobuf.type == H5L_TYPE_EXTERNAL) {
|
||||
status = H5Lunpack_elink_val((char*)lValue, (size_t)infobuf.u.val_size, (unsigned*)NULL, (const char**)&file_name, (const char**)&obj_name);
|
||||
else {
|
||||
status = H5Lget_val_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (void*)lValue, (size_t)buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else if(infobuf.type == H5L_TYPE_EXTERNAL) {
|
||||
status = H5Lunpack_elink_val((char*)lValue, (size_t)infobuf.u.val_size, (unsigned*)NULL, (const char**)&file_name, (const char**)&obj_name);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR obj_name);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 0, str);
|
||||
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR file_name);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 1, str);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR obj_name);
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR (char *)lValue);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 0, str);
|
||||
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR file_name);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 1, str);
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR (char *)lValue);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Lget_val_by_idx: return string not created");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->SetObjectArrayElement(ENVPAR link_value, 0, str);
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
} /* end else */
|
||||
HDfree(lValue);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return infobuf.type;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1val_1by_1idx */
|
||||
|
||||
@ -541,20 +529,21 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lmove
|
||||
const char *lCurName;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO0(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
if (lCurName != NULL && lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Lmove((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lmove((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lmove */
|
||||
|
||||
static herr_t
|
||||
H5L_iterate_cb
|
||||
(hid_t g_id, const char *name, const H5L_info_t *info, void *op_data)
|
||||
(hid_t g_id, const char *name, const H5L_info_t *info, void *op_data)
|
||||
{
|
||||
JNIEnv *cbenv;
|
||||
jint status;
|
||||
@ -645,14 +634,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lvisit_1by_1name
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Lvisit_by_name: op_data or callback_op is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Lvisit_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (H5L_iterate_t)H5L_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Lvisit_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (H5L_iterate_t)H5L_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
return status;
|
||||
@ -708,14 +698,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Literate_1by_1name
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Literate_by_name: op_data or callback_op is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Literate_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t*)&start_idx, (H5L_iterate_t)H5L_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Literate_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t*)&start_idx, (H5L_iterate_t)H5L_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
return status;
|
||||
|
||||
@ -110,7 +110,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1info_1by_1idx
|
||||
* Method: H5Lget_name_by_idx
|
||||
* Signature: (JLjava/lang/String;IIJJ)Ljava/lang/String;
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT jobject JNICALL
|
||||
JNIEXPORT jstring JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Lget_1name_1by_1idx
|
||||
(JNIEnv*, jclass, jlong, jstring, jint, jint, jlong, jlong);
|
||||
|
||||
|
||||
@ -46,17 +46,18 @@ JNIEXPORT jlong JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Oopen
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id, jstring name, jlong access_plist_id)
|
||||
{
|
||||
hid_t status;
|
||||
hid_t status = -1;
|
||||
const char *oName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
if (oName != NULL) {
|
||||
status = H5Oopen((hid_t)loc_id, oName, (hid_t)access_plist_id );
|
||||
|
||||
status = H5Oopen((hid_t)loc_id, oName, (hid_t)access_plist_id );
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Oopen */
|
||||
@ -92,14 +93,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ocopy
|
||||
const char *lCurName;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO0(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
if (lCurName != NULL && lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Ocopy((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Ocopy((hid_t)cur_loc_id, lCurName, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING_TWO(cur_name, lCurName, dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ocopy */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -123,44 +125,44 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1info
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = (jint)infobuf.hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)infobuf.hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)infobuf.hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)infobuf.hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)infobuf.hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)infobuf.hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.shared;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t", "(IIIIJJJJJJ)V", args);
|
||||
hdrinfobuf = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].i = (jint)infobuf.hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)infobuf.hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)infobuf.hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)infobuf.hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)infobuf.hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)infobuf.hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.shared;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t", "(IIIIJJJJJJ)V", args);
|
||||
hdrinfobuf = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf1 = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf2 = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf1 = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf2 = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.addr;
|
||||
args[2].i = infobuf.type;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.num_attrs;
|
||||
args[5].j = infobuf.atime;
|
||||
args[6].j = infobuf.mtime;
|
||||
args[7].j = infobuf.ctime;
|
||||
args[8].j = infobuf.btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V", args);
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.addr;
|
||||
args[2].i = infobuf.type;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.num_attrs;
|
||||
args[5].j = infobuf.atime;
|
||||
args[6].j = infobuf.mtime;
|
||||
args[7].j = infobuf.ctime;
|
||||
args[8].j = infobuf.btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V", args);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1info */
|
||||
@ -183,52 +185,53 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1info_1by_1name
|
||||
jobject ihinfobuf2;
|
||||
jobject ret_obj = NULL;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Oget_info_by_name((hid_t)loc_id, lName, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Oget_info_by_name((hid_t)loc_id, lName, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = (jint)infobuf.hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)infobuf.hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)infobuf.hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)infobuf.hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)infobuf.hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)infobuf.hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.shared;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t", "(IIIIJJJJJJ)V", args);
|
||||
hdrinfobuf = ret_obj;
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf1 = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf2 = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].i = (jint)infobuf.hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)infobuf.hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)infobuf.hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)infobuf.hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)infobuf.hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)infobuf.hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.shared;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t", "(IIIIJJJJJJ)V", args);
|
||||
hdrinfobuf = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf1 = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf2 = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.addr;
|
||||
args[2].i = infobuf.type;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.num_attrs;
|
||||
args[5].j = infobuf.atime;
|
||||
args[6].j = infobuf.mtime;
|
||||
args[7].j = infobuf.ctime;
|
||||
args[8].j = infobuf.btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V", args);
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.addr;
|
||||
args[2].i = infobuf.type;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.num_attrs;
|
||||
args[5].j = infobuf.atime;
|
||||
args[6].j = infobuf.mtime;
|
||||
args[7].j = infobuf.ctime;
|
||||
args[8].j = infobuf.btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V", args);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1info_1by_1name */
|
||||
@ -252,52 +255,53 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1info_1by_1idx
|
||||
jobject ihinfobuf2;
|
||||
jobject ret_obj = NULL;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, NULL);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Oget_info_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Oget_info_by_idx((hid_t)loc_id, lName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, &infobuf, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
args[0].i = (jint)infobuf.hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)infobuf.hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)infobuf.hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)infobuf.hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)infobuf.hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)infobuf.hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.shared;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t", "(IIIIJJJJJJ)V", args);
|
||||
hdrinfobuf = ret_obj;
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf1 = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf2 = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].i = (jint)infobuf.hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)infobuf.hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)infobuf.hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)infobuf.hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)infobuf.hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)infobuf.hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)infobuf.hdr.mesg.shared;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t", "(IIIIJJJJJJ)V", args);
|
||||
hdrinfobuf = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.obj.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf1 = ret_obj;
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.meta_size.attr.heap_size;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t", "(JJ)V", args);
|
||||
ihinfobuf2 = ret_obj;
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.addr;
|
||||
args[2].i = infobuf.type;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.num_attrs;
|
||||
args[5].j = infobuf.atime;
|
||||
args[6].j = infobuf.mtime;
|
||||
args[7].j = infobuf.ctime;
|
||||
args[8].j = infobuf.btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V", args);
|
||||
args[0].j = (jlong)infobuf.fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)infobuf.addr;
|
||||
args[2].i = infobuf.type;
|
||||
args[3].i = (jint)infobuf.rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)infobuf.num_attrs;
|
||||
args[5].j = infobuf.atime;
|
||||
args[6].j = infobuf.mtime;
|
||||
args[7].j = infobuf.ctime;
|
||||
args[8].j = infobuf.btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
CALL_CONSTRUCTOR("hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V", args);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return ret_obj;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1info_1by_1idx */
|
||||
@ -315,14 +319,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Olink
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *lDstName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(dst_name, lDstName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(dst_name, lDstName);
|
||||
if (lDstName != NULL) {
|
||||
status = H5Olink((hid_t)cur_loc_id, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
status = H5Olink((hid_t)cur_loc_id, (hid_t)dst_loc_id, lDstName, (hid_t)create_id, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(dst_name, lDstName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Olink */
|
||||
|
||||
static herr_t
|
||||
@ -347,90 +352,71 @@ H5O_iterate_cb
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
cls = CBENVPTR->GetObjectClass(CBENVPAR visit_callback);
|
||||
if (cls == 0) {
|
||||
/* printf("JNI H5O_iterate_cb error: GetObjectClass failed\n"); */
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
mid = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "callback", "(JLjava/lang/String;Lhdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t;Lhdf/hdf5lib/callbacks/H5O_iterate_t;)I");
|
||||
if (mid == 0) {
|
||||
/* printf("JNI H5O_iterate_cb error: GetMethodID failed\n"); */
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
str = CBENVPTR->NewStringUTF(CBENVPAR name);
|
||||
if (cls != 0) {
|
||||
mid = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "callback", "(JLjava/lang/String;Lhdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t;Lhdf/hdf5lib/callbacks/H5O_iterate_t;)I");
|
||||
if (mid != 0) {
|
||||
str = CBENVPTR->NewStringUTF(CBENVPAR name);
|
||||
|
||||
args[0].i = (jint)info->hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)info->hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)info->hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)info->hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)info->hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)info->hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)info->hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)info->hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)info->hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)info->hdr.mesg.shared;
|
||||
// get a reference to the H5_hdr_info_t class
|
||||
cls = CBENVPTR->FindClass(CBENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t");
|
||||
if (cls == 0) {
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
// get a reference to the constructor; the name is <init>
|
||||
constructor = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "<init>", "(IIIIJJJJJJ)V");
|
||||
if (constructor == 0) {
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
hdrinfobuf = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
args[0].i = (jint)info->hdr.version;
|
||||
args[1].i = (jint)info->hdr.nmesgs;
|
||||
args[2].i = (jint)info->hdr.nchunks;
|
||||
args[3].i = (jint)info->hdr.flags;
|
||||
args[4].j = (jlong)info->hdr.space.total;
|
||||
args[5].j = (jlong)info->hdr.space.meta;
|
||||
args[6].j = (jlong)info->hdr.space.mesg;
|
||||
args[7].j = (jlong)info->hdr.space.free;
|
||||
args[8].j = (jlong)info->hdr.mesg.present;
|
||||
args[9].j = (jlong)info->hdr.mesg.shared;
|
||||
// get a reference to the H5_hdr_info_t class
|
||||
cls = CBENVPTR->FindClass(CBENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t");
|
||||
if (cls != 0) {
|
||||
// get a reference to the constructor; the name is <init>
|
||||
constructor = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "<init>", "(IIIIJJJJJJ)V");
|
||||
if (constructor != 0) {
|
||||
hdrinfobuf = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)info->meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)info->meta_size.obj.heap_size;
|
||||
// get a reference to the H5_ih_info_t class
|
||||
cls = CBENVPTR->FindClass(CBENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t");
|
||||
if (cls == 0) {
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
// get a reference to the constructor; the name is <init>
|
||||
constructor = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "<init>", "(JJ)V");
|
||||
if (constructor == 0) {
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
ihinfobuf1 = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
args[0].j = (jlong)info->meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)info->meta_size.attr.heap_size;
|
||||
ihinfobuf2 = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
args[0].j = (jlong)info->meta_size.obj.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)info->meta_size.obj.heap_size;
|
||||
// get a reference to the H5_ih_info_t class
|
||||
cls = CBENVPTR->FindClass(CBENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t");
|
||||
if (cls != 0) {
|
||||
// get a reference to the constructor; the name is <init>
|
||||
constructor = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "<init>", "(JJ)V");
|
||||
if (constructor != 0) {
|
||||
ihinfobuf1 = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
args[0].j = (jlong)info->meta_size.attr.index_size;
|
||||
args[1].j = (jlong)info->meta_size.attr.heap_size;
|
||||
ihinfobuf2 = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
|
||||
args[0].j = (jlong)info->fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)info->addr;
|
||||
args[2].i = info->type;
|
||||
args[3].i = (jint)info->rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)info->num_attrs;
|
||||
args[5].j = info->atime;
|
||||
args[6].j = info->mtime;
|
||||
args[7].j = info->ctime;
|
||||
args[8].j = info->btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
// get a reference to the H5O_info_t class
|
||||
cls = CBENVPTR->FindClass(CBENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t");
|
||||
if (cls == 0) {
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
// get a reference to the constructor; the name is <init>
|
||||
constructor = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "<init>", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V");
|
||||
if (constructor == 0) {
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
cb_info_t = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
|
||||
status = CBENVPTR->CallIntMethod(CBENVPAR visit_callback, mid, g_id, str, cb_info_t, op_data);
|
||||
args[0].j = (jlong)info->fileno;
|
||||
args[1].j = (jlong)info->addr;
|
||||
args[2].i = info->type;
|
||||
args[3].i = (jint)info->rc;
|
||||
args[4].j = (jlong)info->num_attrs;
|
||||
args[5].j = info->atime;
|
||||
args[6].j = info->mtime;
|
||||
args[7].j = info->ctime;
|
||||
args[8].j = info->btime;
|
||||
args[9].l = hdrinfobuf;
|
||||
args[10].l = ihinfobuf1;
|
||||
args[11].l = ihinfobuf2;
|
||||
// get a reference to the H5O_info_t class
|
||||
cls = CBENVPTR->FindClass(CBENVPAR "hdf/hdf5lib/structs/H5O_info_t");
|
||||
if (cls != 0) {
|
||||
// get a reference to the constructor; the name is <init>
|
||||
constructor = CBENVPTR->GetMethodID(CBENVPAR cls, "<init>", "(JJIIJJJJJLhdf/hdf5lib/structs/H5O_hdr_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;Lhdf/hdf5lib/structs/H5_ih_info_t;)V");
|
||||
if (constructor != 0) {
|
||||
cb_info_t = CBENVPTR->NewObjectA(CBENVPAR cls, constructor, args);
|
||||
|
||||
status = CBENVPTR->CallIntMethod(CBENVPAR visit_callback, mid, g_id, str, cb_info_t, op_data);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
} /* end if */
|
||||
JVMPTR->DetachCurrentThread(JVMPAR);
|
||||
|
||||
return status;
|
||||
@ -453,17 +439,16 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ovisit
|
||||
|
||||
if (op_data == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Ovisit: op_data is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (callback_op == NULL) {
|
||||
else if (callback_op == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Ovisit: callback_op is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Ovisit((hid_t)grp_id, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (H5O_iterate_t)H5O_iterate_cb, (void*)op_data);
|
||||
|
||||
status = H5Ovisit((hid_t)grp_id, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (H5O_iterate_t)H5O_iterate_cb, (void*)op_data);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ovisit */
|
||||
@ -488,19 +473,21 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ovisit_1by_1name
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Ovisit_by_name: op_data is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (callback_op == NULL) {
|
||||
else if (callback_op == NULL) {
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Ovisit_by_name: callback_op is NULL");
|
||||
return -1;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
if (lName != NULL) {
|
||||
status = H5Ovisit_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (H5O_iterate_t)H5O_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, lName, -1);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
status = H5Ovisit_by_name((hid_t)grp_id, lName, (H5_index_t)idx_type, (H5_iter_order_t)order, (H5O_iterate_t)H5O_iterate_cb, (void*)op_data, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, lName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Ovisit_1by_1name */
|
||||
@ -515,25 +502,21 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oset_1comment
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id, jstring comment)
|
||||
{
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *oComment;
|
||||
const char *oComment = NULL;
|
||||
jboolean isCopy;
|
||||
|
||||
if (comment == NULL) {
|
||||
oComment = NULL;
|
||||
status = H5Oset_comment((hid_t)loc_id, oComment);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
oComment = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR comment, &isCopy);
|
||||
if (oComment == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Oset_comment: comment not pinned");
|
||||
return;
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (oComment != NULL) {
|
||||
status = H5Oset_comment((hid_t)loc_id, oComment);
|
||||
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR comment, oComment);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
status = H5Oset_comment((hid_t)loc_id, oComment);
|
||||
|
||||
if(oComment)
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR comment, oComment);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oset_1comment */
|
||||
@ -552,30 +535,25 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oset_1comment_1by_1name
|
||||
const char *oName;
|
||||
const char *oComment;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(name, oName);
|
||||
|
||||
if (comment == NULL) {
|
||||
oComment = NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
jboolean isCopy;
|
||||
oComment = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR comment, &isCopy);
|
||||
if (oComment == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Oset_comment_by_name: comment not pinned");
|
||||
return;
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
if (oName != NULL) {
|
||||
if (comment == NULL) {
|
||||
status = H5Oset_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, NULL, (hid_t)access_id);
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
else {
|
||||
jboolean isCopy;
|
||||
oComment = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR comment, &isCopy);
|
||||
if (oComment != NULL) {
|
||||
status = H5Oset_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, oComment, (hid_t)access_id);
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR comment, oComment);
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
status = H5Oset_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, oComment, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
if(oComment)
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR comment, oComment);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oset_1comment_1by_1name */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
@ -596,34 +574,30 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1comment
|
||||
buf_size = H5Oget_comment((hid_t)loc_id, NULL, 0);
|
||||
if (buf_size < 0) {
|
||||
h5badArgument( env, "H5Oget_comment: buf_size < 0");
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (buf_size == 0) {
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
buf_size++; /* add extra space for the null terminator */
|
||||
oComment = (char *)HDmalloc(sizeof(char) * (size_t)buf_size);
|
||||
if (oComment == NULL) {
|
||||
/* exception -- out of memory */
|
||||
h5outOfMemory( env, "H5Oget_comment: malloc failed");
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
status = H5Oget_comment((hid_t)loc_id, oComment, (size_t)buf_size);
|
||||
|
||||
if (status >= 0) {
|
||||
/* may throw OutOfMemoryError */
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR oComment);
|
||||
HDfree(oComment);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Oget_comment: return string not allocated");
|
||||
else if (buf_size > 0) {
|
||||
buf_size++; /* add extra space for the null terminator */
|
||||
oComment = (char *)HDmalloc(sizeof(char) * (size_t)buf_size);
|
||||
if (oComment == NULL) {
|
||||
/* exception -- out of memory */
|
||||
h5outOfMemory( env, "H5Oget_comment: malloc failed");
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
HDfree(oComment);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Oget_comment((hid_t)loc_id, oComment, (size_t)buf_size);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
/* may throw OutOfMemoryError */
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR oComment);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Oget_comment: return string not allocated");
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
HDfree(oComment);
|
||||
}
|
||||
} /* end else if */
|
||||
|
||||
return (jstring)str;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1comment */
|
||||
@ -643,43 +617,37 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1comment_1by_1name
|
||||
ssize_t status;
|
||||
jstring str = NULL;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName, NULL);
|
||||
|
||||
/* get the length of the comment */
|
||||
buf_size = H5Oget_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, NULL, 0, (hid_t)access_id);
|
||||
if (buf_size < 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
h5badArgument( env, "H5Oget_comment_by_name: buf_size < 0");
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
if (buf_size == 0) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
buf_size++; /* add extra space for the null terminator */
|
||||
oComment = (char *)HDmalloc(sizeof(char) * (size_t)buf_size);
|
||||
if (oComment == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
h5outOfMemory( env, "H5Oget_comment_by_name: malloc failed");
|
||||
return NULL;
|
||||
} /* end if */
|
||||
|
||||
status = H5Oget_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, oComment, (size_t)buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
if (status >= 0) {
|
||||
/* may throw OutOfMemoryError */
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR oComment);
|
||||
HDfree(oComment);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Oget_comment_by_name: return string not allocated");
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
if (oName != NULL) {
|
||||
/* get the length of the comment */
|
||||
buf_size = H5Oget_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, NULL, 0, (hid_t)access_id);
|
||||
if (buf_size < 0) {
|
||||
h5badArgument( env, "H5Oget_comment_by_name: buf_size < 0");
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
HDfree(oComment);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
else if (buf_size > 0) {
|
||||
buf_size++; /* add extra space for the null terminator */
|
||||
oComment = (char *)HDmalloc(sizeof(char) * (size_t)buf_size);
|
||||
if (oComment == NULL) {
|
||||
h5outOfMemory( env, "H5Oget_comment_by_name: malloc failed");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Oget_comment_by_name((hid_t)loc_id, oName, oComment, (size_t)buf_size, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
/* may throw OutOfMemoryError */
|
||||
str = ENVPTR->NewStringUTF(ENVPAR oComment);
|
||||
if (str == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Oget_comment_by_name: return string not allocated");
|
||||
} /* end if */
|
||||
} /* end else */
|
||||
HDfree(oComment);
|
||||
}
|
||||
} /* end if */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jstring)str;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oget_1comment_1by_1name */
|
||||
@ -696,16 +664,17 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oexists_1by_1name
|
||||
htri_t bval = JNI_FALSE;
|
||||
const char *oName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName, JNI_FALSE);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
if (oName != NULL) {
|
||||
bval = H5Oexists_by_name((hid_t)loc_id, oName, (hid_t)access_id);
|
||||
|
||||
bval = H5Oexists_by_name((hid_t)loc_id, oName, (hid_t)access_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (bval > 0)
|
||||
bval = JNI_TRUE;
|
||||
else if (bval < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jboolean)bval;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oexists_1by_1name */
|
||||
@ -767,14 +736,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Oopen_1by_1idx
|
||||
hid_t retVal = -1;
|
||||
const char *oName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
if (oName != NULL) {
|
||||
retVal = H5Oopen_by_idx((hid_t)loc_id, oName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (hid_t)lapl_id );
|
||||
|
||||
retVal = H5Oopen_by_idx((hid_t)loc_id, oName, (H5_index_t)index_field, (H5_iter_order_t)order, (hsize_t)link_n, (hid_t)lapl_id );
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, oName);
|
||||
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (retVal < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)retVal;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Oopen_1by_1idx */
|
||||
@ -786,7 +756,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Oopen_1by_1idx
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT void JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oflush
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
{
|
||||
if (H5Oflush((hid_t)loc_id) < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
@ -799,7 +769,7 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Oflush
|
||||
*/
|
||||
JNIEXPORT void JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Orefresh
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id)
|
||||
{
|
||||
if (H5Orefresh((hid_t)loc_id) < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
|
||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -46,45 +46,41 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Rcreate
|
||||
jbyte *refP;
|
||||
jboolean isCopy2;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, rName, -1);
|
||||
|
||||
if (ref == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
h5nullArgument( env, "H5Rcreate: ref is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
if ((ref_type == H5R_OBJECT) && ENVPTR->GetArrayLength(ENVPAR ref) != H5R_OBJ_REF_BUF_SIZE) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
h5badArgument( env, "H5Rcreate: ref input array != H5R_OBJ_REF_BUF_SIZE");
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
if (rName != NULL) {
|
||||
if (ref == NULL) {
|
||||
h5nullArgument( env, "H5Rcreate: ref is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else if ((ref_type == H5R_DATASET_REGION) && ENVPTR->GetArrayLength(ENVPAR ref) != H5R_DSET_REG_REF_BUF_SIZE) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
h5badArgument( env, "H5Rcreate: region ref input array != H5R_DSET_REG_REF_BUF_SIZE");
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else if ((ref_type != H5R_OBJECT) && (ref_type != H5R_DATASET_REGION)) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
h5badArgument( env, "H5Rcreate: ref_type unknown type ");
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
refP = (jbyte*)ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR ref, &isCopy2);
|
||||
if (refP == NULL) {
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Rcreate: ref not pinned");
|
||||
if ((ref_type == H5R_OBJECT) && ENVPTR->GetArrayLength(ENVPAR ref) != H5R_OBJ_REF_BUF_SIZE) {
|
||||
h5badArgument( env, "H5Rcreate: ref input array != H5R_OBJ_REF_BUF_SIZE");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else if ((ref_type == H5R_DATASET_REGION) && ENVPTR->GetArrayLength(ENVPAR ref) != H5R_DSET_REG_REF_BUF_SIZE) {
|
||||
h5badArgument( env, "H5Rcreate: region ref input array != H5R_DSET_REG_REF_BUF_SIZE");
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else if ((ref_type != H5R_OBJECT) && (ref_type != H5R_DATASET_REGION)) {
|
||||
h5badArgument( env, "H5Rcreate: ref_type unknown type ");
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Rcreate(refP, (hid_t)loc_id, rName, (H5R_type_t)ref_type, (hid_t)space_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR ref, refP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
refP = (jbyte*)ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR ref, &isCopy2);
|
||||
if (refP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Rcreate: ref not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR ref, refP, 0);
|
||||
status = H5Rcreate(refP, (hid_t)loc_id, rName, (H5R_type_t)ref_type, (hid_t)space_id);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR ref, refP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR ref, refP, 0);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, rName);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Rcreate */
|
||||
|
||||
@ -43,17 +43,18 @@ JNIEXPORT jlong JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Topen2
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong loc_id, jstring name, jlong access_plist)
|
||||
{
|
||||
hid_t status;
|
||||
hid_t status = -1;
|
||||
const char *tName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, tName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
if (tName != NULL) {
|
||||
status = H5Topen2((hid_t)loc_id, tName, (hid_t)access_plist);
|
||||
|
||||
status = H5Topen2((hid_t)loc_id, tName, (hid_t)access_plist);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jlong)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5__1H5Topen2 */
|
||||
@ -789,14 +790,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tget_1member_1index
|
||||
const char *tName;
|
||||
int index = -1;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(field_name, tName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(field_name, tName);
|
||||
if (tName != NULL) {
|
||||
index = H5Tget_member_index((hid_t)type_id, tName);
|
||||
|
||||
index = H5Tget_member_index((hid_t)type_id, tName);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(field_name, tName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(field_name, tName);
|
||||
|
||||
if (index < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (index < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)index;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tget_1member_1index */
|
||||
@ -858,17 +860,18 @@ JNIEXPORT jint JNICALL
|
||||
Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tinsert
|
||||
(JNIEnv *env, jclass clss, jlong type_id, jstring name, jlong offset, jlong field_id)
|
||||
{
|
||||
herr_t status;
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *tName;
|
||||
long off = (long)offset;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, tName, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
if (tName != NULL) {
|
||||
status = H5Tinsert((hid_t)type_id, tName, (size_t)off, field_id);
|
||||
|
||||
status = H5Tinsert((hid_t)type_id, tName, (size_t)off, field_id);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name,tName);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name,tName);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tinsert */
|
||||
@ -939,14 +942,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tset_1tag
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *tagP;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING(tag, tagP, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(tag, tagP);
|
||||
if (tagP != NULL) {
|
||||
status = H5Tset_tag((hid_t)type, tagP);
|
||||
|
||||
status = H5Tset_tag((hid_t)type, tagP);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(tag,tagP);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(tag,tagP);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tset_1tag */
|
||||
@ -1029,21 +1033,22 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tenum_1insert_1int
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Tenum_insert: value is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, nameP, -1);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
if (nameP != NULL) {
|
||||
intP = ENVPTR->GetIntArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (intP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_insert: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_insert((hid_t)type_id, nameP, intP);
|
||||
|
||||
intP = ENVPTR->GetIntArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (intP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_insert: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_insert((hid_t)type_id, nameP, intP);
|
||||
ENVPTR->ReleaseIntArrayElements(ENVPAR value, intP, JNI_ABORT);
|
||||
|
||||
ENVPTR->ReleaseIntArrayElements(ENVPAR value, intP, JNI_ABORT);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
@ -1067,21 +1072,22 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tenum_1insert
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Tenum_insert: value is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(name, nameP);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
if (nameP != NULL) {
|
||||
byteP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (byteP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_insert: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_insert((hid_t)type_id, nameP, byteP);
|
||||
|
||||
byteP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (byteP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_insert: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_insert((hid_t)type_id, nameP, byteP);
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR value, byteP, JNI_ABORT);
|
||||
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR value, byteP, JNI_ABORT);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tenum_1insert */
|
||||
|
||||
@ -1218,23 +1224,24 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tenum_1valueof_1int
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Tenum_valueof: value is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, nameP, -1);
|
||||
|
||||
intP = ENVPTR->GetIntArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (intP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_valueof: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_valueof((hid_t)type_id, nameP, intP);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseIntArrayElements(ENVPAR value, intP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
if (nameP != NULL) {
|
||||
intP = ENVPTR->GetIntArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (intP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_valueof: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
ENVPTR->ReleaseIntArrayElements(ENVPAR value, intP, 0);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_valueof((hid_t)type_id, nameP, intP);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseIntArrayElements(ENVPAR value, intP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
ENVPTR->ReleaseIntArrayElements(ENVPAR value, intP, 0);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
|
||||
return (jint)status;
|
||||
@ -1258,23 +1265,24 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tenum_1valueof
|
||||
h5nullArgument(env, "H5Tenum_valueof: value is NULL");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(name, nameP);
|
||||
|
||||
byteP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (byteP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_valueof: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_valueof((hid_t)type_id, nameP, byteP);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR value, byteP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
if (nameP != NULL) {
|
||||
byteP = ENVPTR->GetByteArrayElements(ENVPAR value, &isCopy2);
|
||||
if (byteP == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError(env, "H5Tenum_valueof: value not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR value, byteP, 0);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
else {
|
||||
status = H5Tenum_valueof((hid_t)type_id, nameP, byteP);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR value, byteP, JNI_ABORT);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else
|
||||
ENVPTR->ReleaseByteArrayElements(ENVPAR value, byteP, 0);
|
||||
} /* end else */
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, nameP);
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tenum_1valueof */
|
||||
|
||||
@ -1487,14 +1495,15 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tcommit
|
||||
herr_t status = -1;
|
||||
const char *tName;
|
||||
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(name, tName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
if (tName != NULL) {
|
||||
status = H5Tcommit2((hid_t)loc_id, tName, (hid_t)type, (hid_t)link_plist_id, (hid_t)create_plist_id, (hid_t)access_plist_id);
|
||||
|
||||
status = H5Tcommit2((hid_t)loc_id, tName, (hid_t)type, (hid_t)link_plist_id, (hid_t)create_plist_id, (hid_t)access_plist_id);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(name, tName);
|
||||
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
if (status < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
}
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5Tcommit */
|
||||
|
||||
/*
|
||||
|
||||
@ -2634,49 +2634,50 @@ Java_hdf_hdf5lib_H5_H5export_1dataset
|
||||
h5nullArgument(env, "HDF5Library_export_data: object_path is NULL");
|
||||
} /* end else if */
|
||||
else {
|
||||
PIN_JAVA_STRING0(file_name, fileName);
|
||||
PIN_JAVA_STRING(file_name, fileName);
|
||||
if (fileName != NULL) {
|
||||
file_id = H5Fopen(fileName, (unsigned)H5F_ACC_RDWR, (hid_t)H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
file_id = H5Fopen(fileName, (unsigned)H5F_ACC_RDWR, (hid_t)H5P_DEFAULT);
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(file_name, fileName);
|
||||
|
||||
UNPIN_JAVA_STRING(file_name, fileName);
|
||||
|
||||
if (file_id < 0) {
|
||||
/* throw exception */
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
object_name = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR object_path, &isCopy2);
|
||||
if (object_name == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Dopen: object name not pinned");
|
||||
if (file_id < 0) {
|
||||
/* throw exception */
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
dataset_id = H5Dopen2(file_id, object_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR object_path, object_name);
|
||||
|
||||
if (dataset_id < 0) {
|
||||
H5Fclose(file_id);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
object_name = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR object_path, &isCopy2);
|
||||
if (object_name == NULL) {
|
||||
h5JNIFatalError( env, "H5Dopen: object name not pinned");
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
file_export = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR file_export_name, 0);
|
||||
stream = HDfopen(file_export, "w+");
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR file_export_name, file_export);
|
||||
dataset_id = H5Dopen2(file_id, object_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
|
||||
ret_val = h5str_dump_simple_dset(stream, dataset_id, binary_order);
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR object_path, object_name);
|
||||
|
||||
if (stream)
|
||||
HDfclose(stream);
|
||||
|
||||
H5Dclose(dataset_id);
|
||||
|
||||
H5Fclose(file_id);
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
if (dataset_id < 0) {
|
||||
H5Fclose(file_id);
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end if */
|
||||
else {
|
||||
file_export = ENVPTR->GetStringUTFChars(ENVPAR file_export_name, 0);
|
||||
stream = HDfopen(file_export, "w+");
|
||||
ENVPTR->ReleaseStringUTFChars(ENVPAR file_export_name, file_export);
|
||||
|
||||
ret_val = h5str_dump_simple_dset(stream, dataset_id, binary_order);
|
||||
|
||||
if (stream)
|
||||
HDfclose(stream);
|
||||
|
||||
H5Dclose(dataset_id);
|
||||
|
||||
H5Fclose(file_id);
|
||||
|
||||
if (ret_val < 0)
|
||||
h5libraryError(env);
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end else */
|
||||
}
|
||||
} /* end else */
|
||||
} /* end Java_hdf_hdf5lib_H5_H5export_1dataset */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -88,7 +88,11 @@ set (CMAKE_JAVA_CLASSPATH "${CMAKE_JAVA_CLASSPATH}${CMAKE_JAVA_INCLUDE_FLAG_SEP}
|
||||
set (testfilter "OK (598 tests)")
|
||||
|
||||
if (CMAKE_BUILD_TYPE MATCHES Debug)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
if (WIN32)
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_D;")
|
||||
else()
|
||||
set (CMD_ARGS "-Dhdf.hdf5lib.H5.loadLibraryName=hdf5_java_debug;")
|
||||
endif()
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